식품의약품안전처는 우리나라 국민들이 안심하고 먹을 수 있는 양질의 식품, 의약품 등의 공급을 보장함으로써 국민보건증진에 기여를 목적으로 2013년 3월 23일 식품의약품안전청을 개편하여 발족하였다.
이 조직은 보건복지부의 산하기관에서 실질적인 독립한 형태로 식품의약품안전청의 관련 업무의 복잡성과 업무의 증가로 여러 변혁의 시기를 거쳐 격상되었다. 식품의약품안전처의 1996년 이후 2013년까지의 주요 연혁은 다음과 같다.
1996.04 보건복지부 소속기관으로 식품의약품안전본부 및 6개 지방청 신설
1998.02 식품의약품안전청 개청, 소속기관으로 국립독성연구소와 6개 지방청을 둠
2001.03 인천국제공항수입식품검사소 신설(경인지방청)
09 부정·불량식품 중앙기동단속반, 생물의약품과 신설(식품안전국, 의약품안전국)
2002.05 감사담당관실 신설(본청)
국립독성연구소를 국립독성연구원으로 개칭
2003.07 양산수입식품검사소 신설(부산지방청)
2004.07 의료기기관리과 신설(본청)
독성연구원 생명공학지원과 신설
2005.12 신항수입식품검사소(부산지방청), 평택수입식품검사소(경인지방청) 신설
2006.08 종합상담센터 등 10팀 신설(본청 등)
2007.09 식중독예방관리팀 등 6팀 신설(본청 등)
2009.11 식품의약품안전평가원 국가검정센터 소속 혈액제제검정팀 신설
2010.06 주류안전관리 업무 이관(국세청)
11 충북 청원군 오송보건의료행정타운으로 이전
12 의약품안전정보팀 신설(본청)
2012.02 바이오의약품 및 의료기기 허가심사 부서 신설
07 광주수입식품검사소 신설(경인지방청)
2013.03 식품의약품안전처 신설(1 평가원, 6 지방청, 13 검사소)
식품의약품안전처의 주요 추진 계획은 기본 안전관리의 지속적 추진과 사전 예방대책 확대 강화, 건강한 식생활 환경 확충, 그리고 의료제품 안전관리 선진화와 같이 네 가지로 구성되어 있다.
주요업무는크게 세 가지로 우선 식품, 의약품 등의 기준 규격 검토, 검정 및 단속 업무 지원, 둘째 식품, 의약품 등의 안전성, 유효성 확보를 위한 조사 연구 사업, 셋째, 유통 식품, 의약품 등의 지도 단속, 수입식품의 검사와 같이 주로 식품, 의약품 관련 기준, 조사연구 및 관련 업무의 대한 지도 감독 업무이다. 따라서 이 조직의 설치운영은 식품 안전관리가 생산부터 소비까지의 보다 강화된 통합관리체계로의변혁과 이를 통한 소비자보호 강화에 큰 영향을 미칠 수 있음을 의미한다.