「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」은 2006년 2월 법률 제7849호로 제정되어 2008년까지 41차례의 개정을 겪으면서 운영되고 있다.
2006년 7월의 개정에서는 제주특별자치도에 자치경찰제가 도입됨에 따라 국가경찰과 자치경찰 간의 인사교류에 관한 근거를 마련하는 등 자치경찰제와 관련된 일부 규정을 정비·보완하려는 방향의 개정이 이루어졌다.
2007년 5월에 이루어진 4차례의 개정은 지방자치법의 개정과 고용보험법의 개정, 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률의 개정, 장애인고용촉진 및 직업재활법의 개정에 따라 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 관련 조문을 정비하기 위해 실시되었다.
2007년 8월의 개정은 제주특별자치도의 관광·교육·의료 등 핵심산업과 관련된 행정규제와 제도를 개선함과 동시에 종합적인 행정기능 수행과 개발사업의 효율적 추진을 위하여 필요한 중앙행정기관의 권한을 제주특별자치도로 추가 이양함으로써 제주특별자치도가 국제자유도시로 발전할 수 있는 실질적 토대와 여건을 확충하려는 것이었다.
2008년의 개정은 주로 법 문장을 원칙적으로 한글로 적고, 어려운 용어를 쉬운 용어로 바꾸며, 길고 복잡한 문장은 체계 등을 정비하여 간결하게 하는 등 국민이 법 문장을 이해하기 쉽게 정비하려는 것이었고, 3월의 마지막 개정은 개발이익환수에 관한 법률의 개정에 따른 조문의 정비를 위한 것이었다.
1. 제주특별자치도의 설치와 도내 시, 군의 폐지
정부의 직할 하에 제주특별자치도를 설치하고, 제주자치도는 이 법이 정하는 범위 안에서 특수한 지위를 갖게 하였다. 또한 제주자지도는 지방자치법 규정에도 불구하고 그 관할구역 안에 지방자치단체인 시와 군을 두지 않으며, 대신 관할구역 안에 지방자치단체가 아닌 시를 두도록 하였다.
2. 주민참여의 확대와 도의회의 기능 강화
주민참여의 확대를 위해 주민투표권자 및 주민투표의 대상을 확대하고, 주민투표, 조례의 제정 ․ 개폐 청구요건을 완화하였으며, 주민소환제도를 규정하고 있다. 그리고 제주자치도의회의 기능 강화를 위하여 도의회의 의원 정수 및 지역선거구에 관한 특례, 인사청문회, 도의회 지원 및 운영의 자율성 강화에 대하여 규정하고 있다.
3. 자치인사, 자치감사, 자치재정
자치인사제도에 관하여 인사제도 및 운영의 자율성, 능력 및 성과중심의 인사관리, 우수인력에 대한 우대, 인사충원제도의 개방 및 전문성 강화, 교육훈련의 전문성 강화를 위한 사항들을 규정하고 있다. 또한 행정기구와 정원을 조례로 정하고 총액인건비제를 적용하지 않는 등 상대적으로 더 큰 자율성을 부여한다.
자치감사를 수행하기 위하여 도지사 소속 하에 감사위원회를 두고 제주특별자치도 및 그 소속기관에 대하여는 위의 감사위원회가 감사하고, 중앙행정기관장은 제주특별자치도에 대하여 그 행정전반 또는 특정한 정책, 사업, 업무 및 예산 등에 대한 감사를 실시할 수 없도록 하였다.
자치재정에 관하여 제주특별자치도세, 과세면제, 세율조정, 지방교부세, 지방채발행의 자율화, 제주특별자치도에 대한 국가의 재정 지원, 예산편성과정에의 주민 참여를 규정하고 있다.
4. 교육자치와 자치경찰
교육자치에 관해 도의회 상임위원회로서 교육위원회 설치, 교육위원 ․ 교육감의 선거, 교육재정에 관한 특례 등을 규정하고 있다.
자치경찰은 경찰조직 ․ 운영에 관한 권한과 책임이 지방자치단체에 귀속된 경찰이다. 제주특별자치도법은 자치경찰의 설치를 규정하고 그 조직 ․ 사무, 자치경찰공무원 및 그 직무수행, 교통안전관리에 관한 특례 등을 규정하고 있다.
5. 특별지방행정기관 등의 사무의 이관
특별지방행정기관의 사무 이관에 관하여 사무이관기준 및 우선이양대상사무를 규정하고, 중앙행정기관장의 개별 법률상의 일부 권한들을 도지사의 권한으로 이양시켜 제주지역에서 처리되는 많은 국가사무가 제주자치도의 사무가 되도록 하고 있다. 이에 따라 종전에 제주지역에 설치되어 있었던 제주지방국토관리청, 제주지방중소기업청, 제주지방해양수산청, 제주보훈지청, 제주환경출장소, 제주지방노동위원회, 제주지방노동사무소에 대한 중앙행정기관의 권한이 제주특별자치도로 이양되어 이들 기관은 제주특별자치도 소속 기관이 된다.
6. 관광, 향토 문화 진흥과 국제화를 위한 교육환경조성, 의료서비스 증진 등
제주국제자유도시의 여건조성을 위하여 사회협약, 해외협력과 세계평화의 섬 지정, 외국인의 자유왕래 및 의사소통의 촉진, 관광 및 향토문화의 진흥, 국제화 교육환경의 조성, 국제화를 위한 의료서비스의 증진, 청정 1차 산업의 육성, 산업발전을 위한 특례 등을 규정하고 있다. 관광, 교육, 의료 등 핵심 산업에 대한 규제를 대폭 완화하여 제주도가 "동북아의 Hub"로 발전할 수 있는 제도적 기반을 마련하였다.
7. 국제자유도시종합계획, 개발사업시행, 제주국제자유도시센터
제주특별자치도를 국제자유도시로 조성, 개발함에 있어서는 우선 그에 관한 종합적이고 기본적인 계획이 있어야 할 것이다. 이에 따라 도지사가 국제자유도시의 개발에 관한 종합계획을 수립하도록 규정하고 있다.
개발사업의 시행과 관련하여 도지사가 사업시행예정자를 지정할 수 있도록 규정하고 있다. 개발사업을 시행하고자 하는 자는 도지사의 시행승인을 얻어야 하고, 개발사업의 시행자가 국가 또는 개발센터인 경우에는 도지사의 의견을 들어야 한다.
국제자유도시 개발사업의 효율적 추진을 위하여 제주국제자유도시개발센터의 설립, 등기, 정관, 사업, 개발센터시행계획, 임원, 자금조달, 회계, 감독 등에 관하여 규정하고 있다.
8. 환경, 지하수 보전과 교통, 보건복지, 소방제도에 관한 특례
청정 자연환경의 보전, 지하수의 보전, 관리, 교통산업에 관한 특례, 보건복지제도에 관한 특례, 소방제도에 관한 특례에 관하여 규정하고 있다.