관세정책의 이러한 발전은 1960년대 초반부터 시작되었다. 한국의 경제정책의 목적을 능동적인 무역국에 둠으로써 관세행정 분야에서도 관세율표의 근원을 이루고 있는 품목분류방식을 종래의 자연과학적 분류방식에서 탈피해 세계적으로 널리 통용되고 있는 브뤼셀 품목분류(BTN)로 전환하였다. 

이 시기에는 세계적으로 무역자유화 추세가 점차 확대되어 감에 따라 한국 수출품목의 해외진출을 촉진하기 위해 여러 국가와 최혜국대우 협정을 맺을 필요성이 제기되었다. 이를 위해 한국은 1967년 4월 GATT에 가입하였으며, 이어서 협상이 전개된 케네디 라운드에서 총 78개 품목의 세율을 GATT에 양허하는 대신 GATT 회원국으로부터 총 6만 5천여 개에 대해서 GATT 양허세율을 적용받게 되었다. 이에 따라 한국의 관세정책도 국제적 수준으로 향상시킬 필요성이 있었으며, 비관세 장벽으로 불리는 각종 세관절차를 간소화하고 세계적인 무역자유화 추세에 부응하기 위한 정책적 노력을 경주하였다.

그러나 1960년대 후반기에는 소비대체로부터 한 걸음 더 나아가 적극적인 수출주도형 성장전략을 도모하였으며, 1967년의 GATT 가입 및 무역 기본법인 「무역거래법」의 제정을 계기로 종래 시행되어 온 포지티브 리스트 시스템이 네거티브 리스트 시스템으로 전환되었으며 수입자유화를 통한 대외 개방조치가 필요하였다. 이에 따라 고율의 관세를 통해 국내산업을 보호하던 1960년대 전반기의 직접적인 수입통제방식의 관세정책이 간접적인 수입통제 방식으로 전환되게 되었다.

1962년에는 제1차 경제개발5개년계획을 수행하기 위한 재정 확보, 산업 보호, 공업화계획 및 농촌경제 근대화를 위한 면세 등에 관세정책의 목표를 두었다. 이를 위해 1962년 7월 14일 「관세임시조치법」을 개정하여 긴급수입이 필요한 산업기계, 목재, 철강재 등의 도입이 촉진되었으며, 같은 해 12월 「임시특별관세법」에 의한 대상품목이 재책정되었다. 이 외에 가공공장의 합리적 육성, 세관기구의 개편과 업무체계의 합리화 등이 추진되었다.

1963년에는 무역자유화 추세에 대응하기 위하여 과세의 정책적 기능이 충분히 발휘될 수 있도록 관세제도와 행정을 재정비하였다. 이를 위하여 1963년 12월 5일 「관세법」을 개정하였는데, 이 관세법 개정에서는 국내생산이 가능한 외국상품의 수입을 규제하여 국내산업을 보호 육성하는 것을 주된 목적으로 ① 주요 산업기계, 1차산품, 공업용 원자재에 대해서는 무세 혹은 저율의 관세를 부과하며, 반제품, 완제품의 순서로 점차 고율 과세하며, ② 용도상 긴급한 품목에 대한 관세는 무세 혹은 저율로 책정하며, ③ 장래에 발전 가능성이 있는 수출특화산업, 기간산업, 유치산업 제품에는 저율 과세하며, ④ 국내수요를 충족하는 물품으로서 외국제품과 경쟁하는 물품은 저율 과세하며, ⑤ 국내생산이 불가능하거나 공급이 부족한 것으로 장래에도 가망이 없는 물품은 저율 과세하며, ⑥ 재정수입을 확보하기 위하여 특정물품의 관세율을 인상한다는 관세 부과원칙이 확정되었으며, 국내산업을 보호하기 위한 보복관세제도가 도입되었다. 

1964년에도 「관세법」의 부분적 개정이 이루어졌으며, 5월 3일 단일변동환율제도가 도입됨에 따라 이 환율제도를 관세정책 측면에서 뒷받침하고 특정 수입물품에 일반관세 이외의 임시 특별관세를 추가적으로 부과해 국제수지를 개선하고자 6월 17일 「임시특별관세법」이 공포되었다. 즉, 이 법은 수입쿼터제 하에서 사치성 품목, 인기품목 등 일부 특정 수입제한 품목에 대한 국내 수요가 증가하면서 이들 품목의 가격상승과 수입업자의 초과이윤 획득을 제지하기 위하여 그 품목의 수입수요를 감퇴시킬 목적으로 제정되었다. 「임시특별세법」 하에서 세율은 제1종 물품의 경우는 902개 품목에서 90%, 제2종 물품의 경우는 1,153개 품목에서 70%의 관세를 부과하였다. 

1965년에는 재정수입의 확보와 국내산업 보호는 물론 외환 및 무역의 자유화 실현과 수출증대에 필요한 원자재의 원활한 수입에도 중점을 두었다. 이를 위해 주요 산업용물품에 대한 관세면제 조치가 대상산업별, 대상품목별로 일부 조정 혹은 추가되었으며, 수출지원을 위한 수출용 원자재의 면세절차가 대폭적으로 간소화되고 대치 면세제도가 신설되었다. 또한 종래 제도상의 통관의 지연, 과세의 불공평, 조사의 애로 등에 대한 폐단을 제거하기 위해 「임시특별관세법 시행령」이 일부 개정되어 시행되었다. 

1966년에도 관세정책의 목표는 1965년과 동일하였으며, 6월 20일 「관세법 시행령」이 개정되었으며, 관세법 및 동시행령의 규정에 의한 수수료, 사용료, 장치료에 관한 건이 7월 15일 제정되었다.

1967년에는 세계적인 무역자유화 추세에 발맞춰 관세의 직접적 무역통제 기능을 지양하는 한편 무역통제를 위한 간접수단으로 관세정책을 전환하기 위하여 11월 29일 「관세법」을 대폭적으로 개정하였다. 이 관세법 개정의 특징은 ① 1967년 도입된 네거티브 리스트 시스템에 적합하게 전면적으로 개정된 점, ② 대외 시장개방체제로 전환하는데 필요한 산업조정문제가 반영된 점, ③ 수입자유화 추진에 수반되는 국내산업 피해를 최소화하기 위하여 탄력관세, 긴급관세, 관세할당, 편익관세 등 탄력관세제도가 처음으로 도입되어 외국상품 수입 등으로 국내산업이 피해를 입거나 피해를 입을 우려가 있는 경우 50%의 범위 내에서 탄력적으로 관세를 적용할 수 있게 된 점, ④ 종래의 직접적인 수입통제 방식이 관세율 조정에 의한 간접적인 수입통제 방식으로 전환될 법적 조치가 마련된 점, ⑤ 종래 면세 위주의 관세 지원정책이 관세징수 유예제도로 전환될 수 있는 기틀이 마련된 점 등이다. 1967년의 개정 관세법에서는 간세 부과대상 품목 수가 종전 2,044개에서 3,019개로 확대되었고, 평균 관세율은 38.1%에서 38.8%로 소폭 인상되었다.

1968년에는 1월 1일부터 시행된 개정 관세법에 따라 긴급관세, 상계관세 등의 탄력관세의 운용을 위한 법적 준비를 마련하였다. 그리고 3월 29일 임시특별관세법 시행령이 폐지되고, 9월 23일 「관세법」 제28조 제1항 제1호에 의한 물품지정의 건이 개정되었으며, 이어 한국은 국제적인 권위기관인 관세협력위원회(Customs Cooperation Council: CCC)에 가입하게 되었으며 이를 계기로 각종 국제적인 표준제도를 한국 「관세법」에 도입하기 시작하였다. 

1969년에는 그동안 시행되어온 관제제도의 미비점을 보완하고 대외개방 확대에 대처하기 위한 관세 행정기구의 정비와 관세행정의 개선에 중점을 두고 경제성장을 촉진하기 위한 수출산업 지원 정책을 시행하였다. 외국인의 투자유치와 수출의 진흥을 동시에 기대할 수 있는 정책적 조치로서 수출자유지역을 설치하는 계획이 이 시기에 발표되었다. 관세행정상의 지원을 위해서는 수출품 검사의 적정화를 추진하였는데 이는 수출품의 품질 및 대외 성가의 유지향상으로 건전한 수출무역을 조성함과 동시에 무역관리규제에 의한 적정한 물품이 수출 신고사항과 동일하게 수출되는지의 여부를 확인함으로써 부정수출을 방지하여 한국 상품의 품질 유지는 물론 국내산업의 보호를 도모하고자 하였다.