사적지 보존 정비는 문헌, 고증을 토대로 역사적·학술적 가치에 부합되게 보존과 정비를 추진하고 있다. 이를 위해 선사유적, 성곽, 고분, 건물지 등 유형별로 나누어 특성화하여 보존 정비하되 활용 측면을 적극 고려하고 있다. 특히 유적의 보존상태와 주변의 역사적 환경, 자연경관을 고려하여 정비하는 것을 목표로 한다. 건물의 복원은 가급적 삼가는데 필요한 경우에는 관계전문가의 자문을 통해 복원한다.

1. 선사유적 보존관리

사적으로 지정된 선사유적은 22건으로 유적지가 14건, 패총 4건, 주거지 3건, 기타 1건으로 전체의 68%이상이 매년 정비 중에 있다. 매년 10여 건이 보수·정비되고 있는 상황이다.

2. 고분 보존정비

고대국가 형성과 시대별 문화상을 보여주는 유적으로 지정된 고분은 50건이다. 매년 20여 건이 보수 정비되고 있는데 2002년~2006년에 고창 지석묘군 등 28건이 보수되었다.

3. 건물지 보존관리

전통건축사, 주거문화, 종교, 사상 등을 다양하게 살필 수 있는 유적으로 발굴조사를 통한 유적 확인, 유구(遺構) 정비 등 관람 환경을 조성하고 있다. 사적으로 지정된 건물지는 44건으로 매년 20여 건이 정비 중에 있다. 2002~2006년에 제주목 관아지, 전주 경기전 등 35건이 보수되었다.

4. 성곽, 기타 사적 보수 정비

성곽은 국방에 대한 지리적 요건과 주민 생활상을 알려주는 유적으로 보존·정비에 기간과 예산이 많이 소요되므로 성곽의 상태, 지형적 여건 등을 감안하여 보존 정비 중이다. 몽촌토성, 정북동토성, 풍납토성 등 51건이 2006년까지 정비되었고 향후 2011년까지 30건이 보수될 예정이다. 도요지는 주로 매장유적으로 생활상과 예술사를 엿볼 수 있는 유적이지만 대부분 사유지이므로 토지매입 등을 통해 보존 정비를 진행 중이다. 전통정원은 수목, 건물, 연못이 주요 구성요소이다. 남아 있는 유적이 희귀하고 당시의 자연관을 보여주고 있어 유적의 특성을 고려하여 정비하고 있다. 담양 소쇄원, 광한루원 등을 정비하였다.