방사성폐기물관리기금의 설치 목적은 방사성폐기물관리에 필요한 재원확보로써, 중·저준위 방사성폐기물 관리사업, 사용 후 핵연료 관리사업, 방사성폐기물 홍보사업, 방사성폐기물관리 기술개발사업 등을 추진하는 데 필요한 사업비를 확보하기 위함이었다. 기금의 재원조성은 방사성폐기물 관리사업자 납입금(「방사성폐기물 관리법」 제14조 3항), 사용후 핵연료 관리부담금(「방사성폐기물 관리법」 제15조) 및 기금운영 수익금으로 구성하였다.
방사성폐기물 관리사업자 납입금은 방사성폐기물 관리에 필요한 재원을 안정적으로 확보하고 이를 탄력적으로 운영하기 위해 도입되었다. 방사성폐기물을 발생시키는 자는 방사성폐기물 관리사업자에게 방사성폐기물을 인도할 때 해당 방사성폐기물 관리에 드는 비용을 납부하도록 설계하였다. 방사성폐기물 관리사업자는 해당 비용을 기금으로 관리하되, 방사성폐기물 관리시설을 건설하는 데에 필요한 비용으로 충당해야 하며, 필요한 경우에는 방사성폐기물 발생자가 해당 관리비용을 미리 납부하게 할 수 있도록 허용하였다.
사용 후 핵연료 관리부담금은 원자력발전사업자에게 사용 후 핵연료의 종류와 발생량 등의 기준에 따라 부과한 부담금을 말한다. 징수한 부담금은 방사성폐기물관리기금에 귀속되도록 하였다. 한편, 원자력발전사업자의 적정한 재원 확보를 위해 이 법 시행 당시 이미 발생한 사용 후 핵연료에 대한 부담금에 대해서는 법 시행 후 5년이 경과한 날부터 15년 이내에 연차적으로 납부할 수 있도록 특례를 두었다.