정부혁신관리 평가는 정부업무평가 중 국무총리가 정부업무평가위원회를 통하여 직접 평가하는 특정평가 부문의 관리대상업무 분야에 포함되어 시행되었는데, 2006년의 평가대상기관은 48개 중앙행정기관이었다. 「정부업무평가 기본법」에서는 혁신관리 분야의 평가 시행을 행정자치부 장관에게 위임하고 있으며, 행정자치부에서는 평가의 효율적이고 공정한 추진을 위해 관련 학계 및 민간 부문의 전문가로 구성된 “정부혁신관리평가단”을 구성하고 이를 통해 평가계획의 수립 및 결과에 대한 분석 등을 추진하였다.
정부혁신관리 평가단은 단장을 중심으로 평가단 운영 및 평가 총괄 등을 위해 구성된 운영회의와 혁신평가 4개 부문별로 독립된 분과 체제로 운영되었다. 이명박 정부가 출범한 2008년에 정부혁신관리평가단은 폐지되었다.
2006년 혁신관리평가 평가지표는 계획 단계의 혁신 리더십, 집행 단계의 혁신역량, 산출/결과단계의 혁신 문화 및 혁신성과로 구성되었다. 혁신리더십 항목의 평가지표는 혁신전략의 체계성, 혁신전략의 실행 가능성, 혁신의 실천, 혁신의 지원, 혁신활동의 모니터링, 성과관리의 지원으로 구성되었다. 혁신역량 항목의 평가지표는 혁신추진조직의 역량, 중간 관리층의 역할, 학습체계, 학습 지원, 학습 실적, 업무 관리, 성과관리시스템의 구축 및 활용으로 구성되었다. 혁신문화 항목의 평가지표는 혁신활동에의 몰입, 혁신의 가치에 대한 공감, 개방성과 창조성, 도전성과 실패관리, 혁신의 제도화, 혁신 커뮤니케이션 등으로 구성되었으며 혁신 성과 항목의 평가지표는 과제의 적합도와 난이도, 목표달성, 성공사례 창출 정도, 혁신활동의 생산성, 국민의 혁신체감도, 기관에 대한 신뢰도, 중앙부처 BP(Best Preactice : 선진사례) 및 10대 브랜드 및 경진대회 수상 실적으로 구성되었다.
2007년도 혁신관리 부문 평가지표는 3개 정책 단계, 4개 평가항목, 17개 평가지표로 전년에 비해 간소화되었다.
혁신리더십 항목의 경우 혁신전략의 체계성 및 실행가능성, 혁신의 실천 및 지원, 혁신의 환류 3개 지표로 정비되었다. 혁신역량의 경우 혁신추진조직의 역량, 학습지원 실적, 온-나라 BPS system(온-나라 업무관리시스템) 활성화 및 시스템 간 연계 활용, 성과관리시스템의 운영의 4개 지표로 정비되었다. 혁신문화의 경우 혁신의 일상화, 혁신가치의 확산, 개방성과 창조성, 도전성과 실패관리 4개 지표로 축소되었고, 혁신성과의 경우 부처 혁신과제의 적합도와 난이도, 부처 혁신과제의 목표달성도, 혁신활동의 생산성, 국민의 혁신체감도, 기관에 대한 신뢰도, BP(Best Preactice : 선진사례) 및 혁신브랜드 경진대회 실적으로 정비되었다.