김대중 정부는 1998년 하반기부터 IMF 관리초기 고금리정책 및 긴축재정정책에서 정책방향을 선회하게 된다. 이 정부는 1998년 6월에 추가경정예산안 편성에 착수하여 7월 말에 이를 발표하였다. 제2차 추가경정예산안은 1983년 이후 15년 만에 적자예산을 편성한 것으로 그 규모는 세출증액 6.7조원, 세입결손보전 8.3조원 등 총 15.0조원에 달하였다. 이러한 확장적 통화·재정정책과 대 선진국 수출의 호조에 힘입어 경제성장률은 1998년 -5.7%에서 1999년 10.7%로 V자형 회복세를 보이게 되었다. 이에 따라 1998넌 연평균 6.3%를 기록했던 1999년 이후 하락세를 보였다.
김대중 정부는 경기가 회복되자 재정정책을 1999년부터 긴축기조로 선회하였다. 통합재정지출 및 순융자 증가율은 1998년 15.1%에 달하였으나 1999년과 2000년에는 5-7%에 머물러 경상경제성장률뿐 아니라 실질경제성장률보다 낮은 수준을 유지하였다. 통합재정수입 증가율은 빠른 경기회복에 따라 1999년 11.6%, 2000년 25.8%에 달하였다. 특히 2000년에는 법인세가 급증하였는데, 이는 부채비율 하락 및 인건비 감축 등으로 법인소득이 급증하였기 때문이다. 이러한 긴축정책의 결과 2002년에는 관리대상수지가 흑자를 보이게 되었다.
노무현 정부는 2003년 이후 매년도 예산편성에서 복지 관련 예산을 경제사업보다 상대적으로 더 증액하기 시작하였다. 또한 이 정부는 지방분권, 지역균형발전, 신행정수도 건설 등을 주요내용으로 하는 국가균형발전전략을 추진하고 이를 뒷받침하기 위해 국가균형발전특별법을 제정하고 이에 따라 ‘국가균형발전 5개년계획’을 수립하였다. 또한 국가균형발전위원회를 설립하고 국가균형발전특별회계를 신설하는 한편, 균형발전사업에 대한 평가제도를 도입하였다. 이와 더불어 지방재정 측면에서는 지방교부세율을 국세·지방세 조정을 통해 보유세제를 개편하였다.
이명박 정부는 글로벌 금융위기 충격으로 인한 총수요의 급격한 위축에 적극적으로 대응하였다. 글로벌 금융위기가 본격적으로 발발하기 전인 2008넌 6월 정부는 2007년 세계잉여금 잔액 4.9조원을 활용한 고유가 극복 추경예산을 편성하여 서민생활의 안정을 도모하였다. 곧이어 정부는 실질경제성장률 4.8-5.2%를 전제로 2009년 예산안을 편성하였다. 그러나 예산안이 2008 년 10월 2일 국회에 제출된 이후 신용경색과 생산위축이 급속히 진행되자 정부는 11월에 10조원 규모의 수정예산안을 편성하였다. 이는 거의 30년 만에 처음 있는 일이었다. 수정예산안은 실물경기침체를 방지하고 지역경제를 활성화하고자 일자리 유지 및 내수진작 효과가 큰 SOC와 산업분야에 중점적으로 재원을 배분하였다.
세계 대공황 이래 최악의 경제위기로 치달을 수 있다는 우려가 제기되고, 실물부문의 급격한 위축으로 서민생활의 어려움이 가중되자 이 정부는 2009년 4월 민생안정과 일자리 유지· 창출에 역점을 둔 추가경정예산안을 편성하고 재정의 60% 이상을 상반기에 조기 집행하였다. 이러한 대규모 재정지출은 경기회복에 어느 정도 도움을 주었을 것으로 추측된다. 그러나 이로 인해 재정적자가 급격히 증가하고 재정건전성의 악화에 대한 우려가 또다시 제기되었다. 특히 이명박 정부가 집권 초기에 추진한 세제감면계획은 재정수지에 상당히 부정적인 영향을 미칠 것으로 전망되었다.