국방부는 공정하고 투명하며 형평성 있는 병역제도의 운영을 위해 「병역법」 등 관계법령의 보완과 지속적인 업무혁신을 추진해왔으며, 병역자원의 효율적인 관리와 투명․공정한 병무행정으로 병역의무의 자진 이행 풍토를 조성하고 서비스혁신을 통한 국민의 신뢰받는 병무행정제도를 운영해왔다.

국민이 병역의무를 자발적으로 이행하는 풍토를 조성하기 위하여 국방부는 병역처분의 공정성, 투명성, 형평성을 높일 수 있는 병역제도를 도입하여 추진해왔다. 병역제도에는 역종, 병과, 병종, 병역 소집, 병역 징집, 병역지원 등에 관한 문제가 포함되며, 병역의 형태로 보면 현역과 예비역 복무를 나뉜다.

가. 병역처분의 공정성 및 투명성 제고
병무청은 징병검사 전담의사의 단독판정에 의한 병역면제(신체 등위 5〜6급) 처분에 따른 공정성 문제와 군병원의 정밀검사 의뢰로 인한 병역의무자의 불편을 해소하기 위하여 2002년부터 중앙신체검사소를 설치하여 운영하고 있다. 2003년 9월부터 중앙신체검사과정을 완전 전산화하여 지방병무청의 징병검사시스템과 연계시킴으로써 실시간으로 신체검사자료를 공유하면서 신체검사 업무를 지방청과 유기적으로 처리하고 있다. 또한, 신체등위 판정과정의 각종 부조리를 예방하고 공정하고 투명한 판정이 이루어질 수 있도록 1999년 2월 5일 병역법에 공정한 신체검사와 관련한 위원회 설치근거를 마련했는데, 병무청에 ‘병무청위원회’, 중앙신체검사소에 ‘중앙위원회’, 지방병무청에는 지방병무청 검사장별로 ‘지방위원회’를 설치 운영하고 있다.

나. 징병 검사규칙의 합리적 개정
2006년 1월, 징병검사의 정확성과 공정성을 높이기 위하여 징병신체검사 등 검사규칙을 합리적으로 개정했다. 신장 145㎝ 이하 면제 등 일반 부위(신장 및 체중)의 면제 조항을 신설하고, 질병과 심신장애 기준을 객관화하고 세분화했다.
특히, 특정한 사람들의 병역면탈을 예방하기 위하여 2006년 2월부터 ‘병역면탈 조기경보시스템’을 운영하고 있고, 불법적인 병역기피를 방지하기 위해 인터넷 병역신고제도를 도입하는 등 병역신고제도를 개선하고, 이와 관련하여 올바른 병역문화 정착을 위한 관계법령의 지속적인 개정을 추진하고 있다.

다. 국외 이주 및 체류 병역자원 관리 강화
국외 이주생활자는 최대한 편의를 보장하되 제도를 악용하여 병역을 기피하려는 사람에 대하여는 관리를 강화하고 있다. 전 가족 영주권 취득 등의 사유로 병역면제나 병역연기 허가를 받았다 할지라도 1년 이상 국내에 체재하거나 계속적인 고용관계에 의하여 봉급 등 급여를 받는 사람, 기타 인적 용역제공의 대가로 연간 1천만원 이상의 수입이 있으며, 국내 60일 이상 체재한 사람에 대하여는 국외여행 허가 등을 취소하고 병역의무를 부과하고 있다.

라. 대체복무제도 연구발전
대체복무제도란 현역을 충원하고 남은 잉여자원의 효율적 활용을 위하여 현역복무에 상응하는 국가 차원의 의무를 부여하는 제도이다. 현재 대체복무로 전환복무제도, 전문연구요원․산업기능요원제도, 공중보건의사․공익법무관제도, 기타 공익근무요원․국제협력의사제도 등을 운영하고 있다. 2006년 4월 5일 ‘대체복무제도 연구위원회’가 발족되어 종교적(양심적) 병역거부자의 대체복무 도입여부를 비롯하여 체육, 예술계 등 각계의 병역특례확대 요구에 따른 대체복무제도에 대한 전반적인 검토를 단행한 바 있다.

국방부,《국방백서 1968》, 삼본문화, 1968.
국방부,《국방백서2004》, 대웅인쇄, 2005.
국방부,《국방백서2006》, 신흥 P&P 주식회사, 2006.