현재 근대문화유산 중 보호되고 있는 것은 극히 일부이며, 대부분 각종 개발과 도시화로 인해 철거, 훼손될 위기에 처해있다. 이와 같은 상황에서 근대문화유산 조사를 통한 보존의 다양화 추구, 문화재의 가치 홍보 등을 통한 보존 의식의 고취, 활용을 위한 제도적 기반 마련에 대한 논의가 진행되었다. 

1999년에 근대문화유산의 보존과 활용방안 조사연구가 진행되었고 2001년 3월에 ｢문화재보호법｣이 개정되어 7월에 근대문화유산 보존을 위한 등록문화재제도가 도입되었다. 이에 따라 건조물 또는 기념이 될 만한 시설물이 문화재로 등록되기 시작하였고 전국 근대 건축물에 대한 현지조사 및 시·도 사업 지원, 『한국 근대건축 문화유산 총람』 발간이 진행 중이다.

2005년 7월에는 문화재보호법 시행령·시행규칙이 개정되어 근대문화재 등록대상을 건조물뿐만 아니라 역사유적, 생활문화자산,동산문화재 등으로 확대하였다. 또한 법적인 보호를 위해 등록문화재가 있는 대지 안에서의 건폐율, 용적률 건축 기준을 완화하고, 국고보조금, 세제 혜택 등을 도입하였다.

1. 등록문화재제도의 도입
근대문화유산을 보호하기 위해서 기존의 지정문화재제도로는 한계가 있어 기존 지정문화재제도의 보완적 제도로서 신고제와 지도, 조언, 활용을 기본으로 하는 등록문화재제도를 도입하게 되었다.
등록문화재제도는 근현대기에 생성된 모든 역사적·문화적 산물을 보존·활용하기 위한 제도이므로 지도·조언·권고 등 완화된 보호조치를 취함으로써 소유자의 자발적인 보호에 기초하는 신고 위주의 제도이다. 그리고 당해 문화재의 외관을 크게 변화시키지 않는 범위에서 사정에 따라 내부를 수리하도록 하여 보존과 동시에 활용을 촉진한다. 그러므로 근대문화유산의 보존과 활용을 위한 건축기준 완화, 세제 지원 및 수리에 대한 보조금 지원 등 다각적인 지원제도를 시행하고 있다. 

2. 등록·지정된 근대건축 보수정비
근대 건축문화재의 보존 현황, 지역별·유형별 특징 및 변천 연구, 근대 건축문화재 보존사례조사, 보존관리 방안 및 기법을 연구하고 있다. 근대건축문화재 종합조사를 토대로 매년 10여 건 내외의 근대문화유산을 선정하여 보수·정비를 추진하고 있다. 또한 지정문화재인 근대건축물의 체계적인 보존과 관리를 도모하기 위해 매년 5건을 선정하여 정밀실측조사를 진행하고 있다. 구러시아공사관, 대한의원 본관, 서울구치소, 구서울역사 등을 실측조사하고 CD롬을 제작하여 학술 연구자료로 활용하고 있다. 

3. 비지정 근대문화유산 조사 및 등록
근대문화유산 전국조사 실시를 통해 등록대상 문화재의 다양화 및 등록 확대를 추진함과 동시에 문화재로 지정·등록되지 않았으나 보존가치가 높은 근대 문화유산에 대한 실태조사도 실시하고 있다. 산업시설, 철도시설, 담장 등 근대 이후에 형성된 다양한 역사적, 산업적, 문화적 소산물에 대한 보존기반 확대를 추진 중이다.