감사결과의 분야별 주요 지적사항을 살펴보면 다음과 같다.
1) 조직과 인사 사항이다. 조합원의 경제부담 가중과 여러 조합이 난립한 시·군이 많고 조직원리를 무시하고 계원없는 계장직을 설치하거나 임직원의 많은 부분이 특별채용에 의하여 충원되어 정실에 따른 자질 저하로 경비의 낭비, 업무의 비능률 등을 초래하고 있었다.
2) 조합비 징수 사항이다. 조합운영 재원의 76.5%를 조합비에 의존하고 있어 농민들의 조합비 부담이 과중하였는데 전국의 단보당 평균 조합비는 1,886원으로서 단보당 수익 36,458원의 5.1% 등으로 조합비 부과에 불균형을 가져와 불평불만의 대상이 되었다.
3) 세출예산 집행 사항이다. 1972년을 기준하여 관리경비가 전체 예산의 42.6%이고 사업비는 29.5%로서 조합비가 조합원의 실익과 관련 없는 부문에 주로 사용되고 있었다.
4) 사업추진 사항을 보면, 농지개량사업을 집중투자에 의한 완공 위주로 집행하지 아니하고 분산투자하여 투자효과를 저해하고 있었다.
5) 일반관리 사항을 보면, 회계제도의 불비나 직원이 관계규정을 숙지하지 못함으로써 경리사고가 자주 발생하였고 감사결과 공금횡령이 116건에 1억 100만여원에 이르고 있었으며 재산의 실태마저 정확하게 파악하지 못하고 있었다.
이에 대하여 농수산부 등 관계기관에 제시한 개선책의 주요 내용은 다음과 같다.
1) 난립된 군소조합을 1군 1조합 원칙하에 통합하여 경비와 불필요한 인원 및 기구를 줄이도록 하며
2) 임직원의 특별채용을 억제하고 공개경쟁임용에 의하여 우수한 인력을 확보하며 농수산부에 인사위원회를 설치하여 능력이 부족한 임직원을 정리하고
3) 조합운영 재원의 확보를 위하여 지방별 특성에 맞는 자체 수익사업을 개발하는 한편 조합의 경비를 최대한으로 절감하고 특히 조합원이 협동작업을 실시하여 관리성 경비를 전체의 39% 이내로 줄이도록 하며
4) 대규모 조합에서는 기업회계제도를 도입하여 계리의 정확성을 도모함과 아울러 견제기능을 강화하고
5) 사업지구 선정의 적정을 기하여 사업의 중복시행이 없도록 하며 소규모 사업은 억제하고 완공 위주의 집중투자 사업을 장려할 것 등이었다.
농수산부에서는 농지개량조합을 1군 1조합 원칙하에 정비하여 266개 조합 중에서 140개 조합을 줄여 126개 조합으로 축소개편하는 한편 조합장 196인을 해임하였다.