「감사원법」제20조~제28조
국고보조금 예산의 집행을 효율화하고 보조사업의 성과를 가져오기 위하여 보조사업계획 수립, 보조대상자 선정, 보조금 지급업무 처리 및 보조금 사후관리의 적부 등에 중점을 두고 보조사업에 대한 감사를 여러 차례 실시하였다.
1965년부터 1971년 7월 31일까지의 국고보조금 감사로는 1965년도의 상전(桑田)조성사업 및 조선장려사업에 대한 감사, 1965년도의 탄전시추보조금 집행업무 감사, 1967년도의 상공부 소관 보조금 집행상황에 대한 계통감사와 1969년도의 문교부 소관 보조금에 대한 감사 등이 있다. 국고보조금 감사결과 적출된 위법 부당사항은 총 731건으로 보조금을 부당하게 교부하거나 정산이 잘못되어 회수보전을 요구한 금액이 11억 3,306만여 원에 달하였다.
문교부에서 국고보조금 교부신청서을 받아 보조사업 내용의 적정여부를 조사한 후 보조금교부를 결정하여야 하는데도 1969년 6월 20일 동 신청서를 제출하지 아니한 수도공과대학에 500만원을 교부결정하는 등 12개 대학교에 실험실습기구 구입보조금으로 계4,225만원을 교부결정하여 일방적으로 통지하였을 뿐 아니라 그 중 일부 기구는 납품되지도 아니하였는데 납품된 것같이 처리하여 보조금 전액을 지급한 사실이 있었다.
또한 1969년 5월 20일 및 8월 19일 2차에 걸쳐 공업계고등학교 40개 학교에 대한 시설비 8,381만여 원을 국고보조하면서도 실업계고등학교의 실습시설 현황과 부족시설 보완비용의 조사도 하지 않거나 보조금에 대한 정확한 산출기초도 없이 22개 공립학교에 200만원 내지 500만원씩 총 6,600만원의 보조금을 배정한 후 동 배정금액을 기준으로 사업계획서를 형식적으로 제출하게 하는 등 보조금 지급에 난맥상을 보이고 있어 문교부로 하여금 국고보조금 교부결정 업무를 철저히 하고 필요한 조치를 취하게 하였다.
감사원, 《감사50년사》, 감사원, 1998.