농어촌의 부존자원과 유휴노동력을 활용하여 농가소득을 증대하기 위하여 처음 시도한 것이 1967년 농어촌부업단지육성사업으로 민속공예품, 섬유직물, 식품가공 및 일반공산품 등의 생산에 마을 단위에서 10호 이상이 공동 참여하였다. 

그러나 부업단지 육성만으로 농외소득 증대와 도농간 소득격차를 줄이고 지역사회활력을 불어 넣기에 한계가 있고 이를 극복하기 위해 새마을 공장 건립사업이다. 농촌의 공업화와 공장의 지방분산이라는 의의와 함께 1개 읍·면 당 1개 공장 건설을 원칙으로 하였다. 대상업종도 부업단지사업보다 포괄적이었으나 산업입지정책적인 고려의 미흡으로 추가비용이 발생하고, 판로확보 등 경영 능력면에서 문제가 제기되었다.

따라서 사업성 검토를 엄격히 하고, 업종제한을 철폐하여 대도시지역의 기업들을 농촌지역에 이전시키고 소규모공단을 조성하여 규모의 경제와 집적이익 및 계열화의 유리성을 추구하기 위해 농공단지 개발사업이 본격적으로 검토되기 시작한 것은 1981년 11월이다. 당시 농촌의 소득원 개발정책은경제정책을 총괄하는 경제기획원(현재 기획재정부)이 주관하였다. 대도시-공업 위주의 경제개발로 인한 도농간 소득격차문제가 심화되자 정부차원에서 “농외소득원개발기획단”을 설치하고, “농외소득증대를 위한 종합대책”을 수립하였다. 이를 뒷받침하기위하여 「농어촌소득원개발촉진법」이 마련되었으며, 1984년 5월에는 경기도와 제주도를 제외한 7개 도에 1개 소씩 7개의 시범농공단지가 지정되었다. 1984년부터 추진된 농공단지는 2006년 12월 현재 전국적으로 330개가 조성되어 약 4천 8백 개의 업체가 입주하고 있다. 중앙 정부가 주관하던 농공단지 개발사업은 1991년부터 지방자치단체의 자율추진으로 전환되었다. 시범사업을 시작으로 80년대 후반에 실시된 일련의 농공단지개발사업의 실시 결과, 개발주체인 지방자치단체의 자율적인 추진이 가능하다고 판단되었기 때문이다. 

또한 지방자치제 실시라는 정책취지와도 부합되었다. 이에 따라 중앙정부처들의 기능은 정책추진상의 에로를 타개하고, 예산을 지원하는 것으로 조정했다.

「농어촌정비법」
「산업입지 및 개발에 관한 법률(산업입지법)」
「농업·농촌기본법」(1999)
「농공단지의 개발 및 운영에 관한 통합지침」
「농어촌소득원개발촉진법」

농업부문에 존재하는 유휴노동력 또는 잠재실업을 비농업 부문에 흡수함으로써 국민경제의 효율적 자원배분과 이로 인한 국민생산의 증대, 나아가 실업문제를 해소하기 위하여, 농외소득원 개발사업의 일환으로 고용흡수효과 및 단위 노동 부당가치가 상대적으로 높은 농공단지조성사업이 1984년 추진되었다. 정부주도의 대도시·공업 및 수출주도의 경제개발은 절대빈곤과 실업의 해소라는 소기의 목적은 달성하였으나 도시와 농촌의 지역간, 농업과 공업의 산업간 불균형은 물론 대기업과 중소기업간의 불균형을 초래하였다. 

결국 이러한 문제점들은 경제력 집중에 의해 발생하는 외부비경제의 결과로서 시장경제기구 내에서 해결될 수 없는 시장의 실패이기 때문에 정부의 개입에 의한 경제구조조정이 필요하게 되었고, 그 일환으로 채택된 것이 농촌공업화 정책이다.

1. 각종 지원제도
농공단지 개발시에는 단지조성비와 공동이용건축물철거비 및 폐수처리장설치비를 지원하고, 농공단지 개발시에 부과되는 농지조성비, 대체조림비 및 산림전용부담금 등을 면제한다. 또한 농공단지에 입주하는 기업에는 국세 및지방세 등의 조세감면과 시설자금 및 운전자금에 대한 금융지원이 있다. 이외에도 입주기업들의 인력확보를 위해 병역특례업체지정을 적용하고 있으며, 외국인 연구생 추천시에도 우대하고 있다. 그리고 입주업체들의 판로확보를 위해 국가기관에 대한 물품납품시 수의계약이 가능하도록 하고 있다.

2. 농공단지조성 및 분양 현황
2006년 12월 현재 서울, 인천, 대전을 제외한 전국 121개 시·군에 330개가 지정되었고, 분양률은 95.9%로 매우 높은 수준이다. 농공단지가 지정되지 않은 곳은 각종 산업단지가 입지한 공업지역 5개 시(광양시, 경산시, 포항시, 거제시, 창원시)와 교통여건이 불리하거가 도서지역인 5개 군(인제군, 양구군, 신안군, 영양군, 울릉군)이다. IMF 이후에는 농공단지 지정이 감소하여 1998년에는 3개, 1999년에는 1개, 2000년에는 지정된 곳이 없다. 이는 농촌지역의 노동력부족과 임금상승 및 지가상승 등과 국민경제의 침체와 수도권 공장입지규제완화로 분석된다.

3. 농공단지의 가동
농공단지의 가동률(78.1%)은 국가산업단지(84.8%)나 지방산업단지(82.2%)에 비해 낮다. 단지조성이 완료되어 공장설립이 가능한 287개 단지중 휴폐업율이 20∼30%인 단지가 15.3%, 30∼50%인 단지가 8.0%, 50% 이상인 단지도 4.5%에 달한다. 이는 자금부족이 66.3%로 가장 많고, 다음으로 판매부진(17.1%), 경영미숙(5.2%) 순이다. 2000년 말 현재 농공단지의 가동업체수는 3,241개, 종업원수는 10만 4,465명으로, 업체당 평균 고용인원은 32.3명이다. 현지인의 비율은 72.6%이며, 현지인 가운데 비농가가 71.9%이다. 2000년 말 현재 농공단지의 생산액은 총 14조 408억 원이며, 매출액은 19조 274억 원으로 입주기업의 업종별로 보면 잡화가 31.4%로 가장 큰 비중을 차지하고 있고, 화공·식품·금속·기계·섬유 등은 비교적 고른 분포하고 있다.

4. 농공단지에 대한 재정지원 현황
총 2.7조 원이 지원되었으며 그중 단지조성비 지원은 10,680억 원, 시설운전자금지원 16,160억 원, 배수처리장 설치비지원 625억 원이다. 지원 형태별로 보면 보조는 3,827억 원에 불과하고 대부분이 융자(23,638억 원)로 지원되었다.

경제기획원,《농공지구 지정 및 개발현황》, 1986.10.15
대한상공회의소,《농공단지 입주기업의 운영의 실태와 과제》, 1992.12
박영철·김상욱·지광효,〈산업입지제도개편방안 연구〉《연구보고서 98-39》국토개발연구원, 1998
산업자원부,《농공단지 활성화 종합대책》산업정책국(내부자료), 2001.2
농림부·환경부·건설교통부,《농공단지의 개발 및 운영에 관한 통합 지침》, 2001.2
한국산업단지공단,《전국산업단지현황통계:2000년4/4분기》, 2001.3
중소기업진흥공단,《농공단지현황》, 2001.1