전국시장·군수·구청장협의회는 〈설립취지문〉을 통하여 설립의 목적을 “법적 지위로 보장된 권한과 능력을 바탕으로 국민의 의사가 바르게 정책에 반영되고 정책과 사업의 이익이 모든 국민에게 고르게 분배되도록 하는 일에 더욱 매진 할 것이며, 각 시·군·구 간의 정보의 공유와 교류는 물론, 중앙정부 및 광역지방자치단체와의 협력과 조정이 보다 조화롭게 이루어지는 가운데 국가와 민족의 중흥 발전과 국민의 삶의 질을 향상”시키는데 두고 있다. 더하여 “지방은 더 이상 중앙에 종속되는 상하관계로 인식되어서는 안되며 이제는 중앙의 논리가 아닌 지방의 논리를 통해 민족중흥과 국가발전 그리고 국민의 복지증진을 위한 동반자로서 인식되는 가운데 상호 협력과 조정을 통하여 미래를 향한 힘찬 발전을 이루어 나가야”함을 강조하여 지방자치가 인식의 변화와 함께 성장하여야 함을 강조하고 있다.
  전국시장·군수·구청장협의회는 이러한 목적 하에 주요 사업으로 지방자치에 영향을 미치는 법령 및 국가정책에 대한 의견개진 및 건의, 시·군·구의 공동현안에 대한 정보교환 및 조사연구사업, 시·군·구 상호 간의 교류와 협력증진에 관한 사업, 기타 협의회의 목적을 달성하기 위해 필요한 사업 등을 들고 있으며, 특히 정책건의활동은 ‘마을기업 육성을 위한 법률제정 건의’, ‘중앙·지방 협력회의법 제정 건의’, ‘민간기업의 투자활성화 유도를 위한 도시개발법 개정 건의’ 등 다양한 부문에서 이루어지고 있다.

  전국시장·군수·구청장협의회의 조직은 전국 226명의 민선 시장·군수·구청장들을 회원으로 하며, 운영의 효율화를 위하여 총회, 공동회장단회의, 시·도별 협의회 등을 두고 있다. 공동회장단의 구성은 시·도별 회장 15명, 공동회장단회의에서 추천•선임한 군수 3명으로 하고, 공동회장단의 임원은 대표회장 1명, 부회장 3명(시장.군수.구청장 각 1명), 사무총장 1명, 감사 2명, 대변인 1명으로 하되, 시·도별 회장 15명 중에서 선임하도록 하고 있다. 사무처는 지방자치 관련 법령 제・개정 및 정책입안, 유관기관과의 협의, 예산편성 및 집행 등 회계 관리, 회의계획 수립, 회의자료 작성 및 통보, 기타 협의회와 관련된 사항 등을 주요 업무로 하고 있다.