종전의 방위사업은 방위산업의 육성·지원에 관한 사항을 내용으로 하는 「방위산업에 관한 특별조치법」 외에는 실제 방위사업의 핵심 분야인 무기체계의 연구 개발 및 국외도입 등을 종합적으로 규율할 수 있는 법령 없이 수행됨으로써 그 법적 근거와 대외적인 신뢰성 등에 한계가 있었다. 2006년 「정부조직법」 개정으로 방위사업을 전담하는 방위사업청이 신설되었고, 다음날 「방위사업법」이 제정, 공포되었다. 이로써 방위사업과 관련된 기본적인 사항을 체계화하고, 「방위산업에 관한 특별조치법」의 내용을 통합하는 한편, 방위사업 전반에 대한 제도개선 내용을 반영함으로써 방위사업의 추진에 있어 투명성·전문성 및 효율성을 획기적으로 높이고, 방위산업의 경쟁력을 향상시켜 자주국방의 기반을 마련할 수 있었다.

「방위사업법」은 최초 2006년 1월 2일 법률 제7845호로 제정된 이후 2017년까지 23회 개정되었다. 각각의 개정 당시 국회에서 논의된 주요 내용은 아래와 같다. 

제281회 국회 본회의 제12차 전체회의(2009.3.3.)를 통해 국방중기계획의 국회 소관 상임위원회 보고를 의무화하고 방위산업분야 중소기업 육성을 위한 중소기업자 우선선정제도를 도입하며, 인수·합병대상 중소기업자에게 사업조정을 신청할 수 있도록 하는 등 현행 제도의 운영상 일부 미비점을 보완·개선하였다. 

제287회 제12차 국회 본회의 전체회의(2010.3.2.)에서는 방위산업이 국가경제발전에 이바지한다는 내용을 법 목적과 기본이념에 반영하고, 방위사업 추진 전반에 관한 의회의 통제를 강화하며, 국방과학기술의 해외유출을 방지하기 위하여 국가 전략무기사업 참여에 대한 법적장치를 보완하고 현재 시행령에 규정된 옴부즈맨의 자격요건 등을 법률에 규정하였다. 

제324차 제2차 국회 본회의 전체회의(2014.5.2.)에서는 무기체계가 아닌 군수품의 조달구조는 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에서 정하고 있는 낙찰방법으로만 계약되도록 하고 있어 사용자인 수요군의 의사가 반영될 수 없는 구조로 운영되고 있다. 이에 반해 조달청은 계약의 특례 규정을 마련하여 2006년부터 ‘다수공급자계약제도’를 도입하는 등 사용자인 수요기관이 직접 사용할 물건을 선택할 수 있는 방법으로 계약을 체결할 수 있도록 하고 있다. 이에 군수품 조달에서도 필요한 경우에는 대통령령으로 정하는 계약방법으로 조달할 수 있는 근거를 마련함으로써 군수품을 직접 사용할 수요군 중심의 조달체계가 구축될 수 있도록 하였다. 

제336차 제1차 국회 본회의(2015.8.11.)에서는 「방위사업법」에 따라 설립된 국방기술품질원은 「국방과학연구소법」에 근거해 설립된 국방과학연구소와 달리 군수품 및 국유재산의 대부 및 양도에 관한 특례를 적용받지 못하고 있어 품질보증업무 등을 수행하기 위하여 군수품이나 국공유지(전천후 사격시험장 부지 등)가 필요한 경우 먼저 이를 구매하기 위한 예산을 마련해야하는 한편 이후 구매와 관련해서도 효율적이지 못한 국가행정소요가 발생하고 있다. 이에 국방기술품질원에 대하여 국유재산을 무상으로 사용허가·대부 또는 양여할 수 있도록 하여, 국방기술품질원이 본연의 설립 취지에 따라 효율적으로 운영되게 함으로써 군 전력유지에 최선을 다할 수 있도록 하였다. 

제324차 제1차 국회 본회의(2016.5.19.)는 현재 방위사업청의 「방위사업관리규정」에 따라 200만 달러 이상의 방위력 개선사업은 원칙적으로 무역대리점을 활용하지 않도록 하고 있으나 법적 구속력이 없어 준수율이 저조한 실정이었다. 그러나 최근 무기체계 도입과정에서 일부업체(무역대리업자)의 가격 부풀리기 등 범죄사실이 밝혀지면서 문제점이 부각되었다. 이에 제작사 등 계약대상자가 아닌 무역대리업자에 대한 체계적인 등록 절차를 마련하고 합리적인 수준의 수수료가 부과될 수 있는 환경을 조성하고자 하였다. 

제346차 국회(정기회) 제9차 전체회의(2016.11.30.)에서는 빈번한 방위사업 관련 비리를 차단하기 위하여 군수품무역대리업을 하는 자가 중개 또는 대리 행위를 하고 수수료 등의 대가를 받는 경우에는 방위사업청장에게 신고하도록 하는 한편, 청렴서약 위반에 대한 제재를 보다 강화하고, 취업이 제한되는 방위사업청 퇴직자를 고용한 방위산업체는 방위산업체 지정 취소 등의 제재를 받도록 하였다. 또한, 고시로 규정하여 운영하던 품질경영체제인증에 관한 사항을 법률에서 규정하였다. 

제349회 국회(임시회) 제5차 전체회의(2017.2.28.)에서는 첫째, 방위산업체 및 전문연구기관 등이 행하는 군수품의 구매·생산 또는 연구 등에 있어 하도급업체 및 재하도급업체의 부정행위를 방지하기 위하여, 수급업체(매매계약의 경우 공급업체)의 대표와 임원에 대하여도 청렴서약서를 제출하도록 의무화하고 이를 위반할 경우에는 방산업체의 지정을 취소할 수 있도록 하였다. 둘째, 국방부장관 및 방위사업청장이 방산업체·일반업체·전문연구기관 및 일반연구기관의 무기체계 및 그와 연관된 기술의 연구개발에 필요하다고 인정할 때에는, 방산업체·일반업체・전문연구기관 및 일반연구기관이 국방과학연구소의 시험평가 관련 시설·설비 및 정보를 공동으로 활용하게 할 수 있도록 하였다. 2016년 8월 기준, 국방과학연구소(ADD)가 보유하고 있는 시험평가 관련 장비는 총 10,291개에 달하지만 이 중 민간과 공동 활용할 수 있는 장비는 1,155개로 전체의 11.2%에 불과하여, 국가과학기술연구회 소속 출연연구기관의 경우 전체의 78.2%를 공동 활용하고 있는 것과 큰 대조를 보이고 있는 실정을 개선하고자 하였다. 셋째, 국방 과학기술 분야의 창의적이고 도전적인 연구기반 조성을 위하여 방위사업청장은 핵심기술 연구개발을 수행하는 자가 연구개발을 성실하게 수행한 사실이 인정되면 지체상금(遲滯償金)을 면제하거나 입찰 참가자격 제한을 하지 않을 수 있도록 하였다. 

「방위사업법」은 8개의 장과 64개의 조로 구성되어 있다. 각 장의 세부적인 명칭은 제1장 총칙, 제2장 방위사업수행의 투명화 및 전문화, 제3장 방위력개선사업, 제4장 조달 및 품질관리, 제5장 국방과학기술의 진흥, 제6장 방위산업육성, 제7장 보칙, 제8장 벌칙 등이다. 방위사업의 투명성 및 전문성 확보(제5조 내지 제7조)를 위하여 방위사업에 대한 주요정책의 결정 또는 집행과 관련하여 이에 참여한 자의 소속・성명 및 의견과 각종 회의 등의 토의내용 및 결정내용을 기록・보존하도록 하는 방위사업 정책실명제를 실시하고, 방위사업청 공무원, 국방과학연구소・국방기술품질원 및 방위산업체의 관계 임・직원 등은 금품이나 향응의 요구 및 수수 등을 금지하는 내용의 청렴서약을 하도록 하며, 방위사업을 감시하고 시정요구 등을 할 수 있는 옴부즈맨을 운영하는 한편, 방위사업 추진에 있어 전문성이 필요한 중요한 직위에는 해당 분야에 대한 전문적인 경험과 능력을 갖춘 자를 임명하도록 하였다. 방위사업 수행 과정에서 투명성 및 전문성을 확보하기 위한 제도적인 장치를 마련함으로써 국민으로부터 신뢰를 받고, 효율적인 방위사업이 이루어질 수 있도록 하였다. 

종전의 방위사업 관련 조직은 국방부 및 국방부조달본부 등에 분산되어 운영됨으로써 의사결정이 지연되고 효율성이 떨어졌기 때문에 운용 등을 심의・조정하기 위한 방위사업추진위원회를 설치하였다. 방위사업추진위원회는 방위사업청장을 위원장으로 하고, 관계 부처의 공무원과 민간전문가 등을 위원으로 하여 구성하였다. 이를 통하여 방위사업과 관련된 각종 위원회를 하나로 통합하고 민간전문가를 참여시킴으로써 의사결정의 효율성・투명성 및 전문성이 높아질 것으로 기대되었다.

종전에는 방위력개선사업을 수행하는 경우에 단위사업의 계획단계에서부터 예산편성, 협상・계약, 품질보증 등의 여러 업무과정을 각각 다른 부서에서 수행함으로써 효율성이 떨어지는 문제가 있었다. 이에 따라 방위력개선사업의 시작단계부터 종료 시까지의 각 과정별 또는 기능별 전문인력을 통합구성하여 사업의 모든 과정을 총괄적으로 관리하고 수행하는 통합사업관리제를 실시하도록 하였다. 이로써 분산되고 중복적으로 수행되던 방위력개선사업을 단위 사업별로 통합하여 수행함으로써 사업의 효율성과 책임성이 높아질 것으로 기대되었다. 

지금까지 무기체계에 대한 소요가 결정된 경우에 심층적인 조사・분석이 부족한 상태에서 당해 무기체계의 연구개발 또는 구매에 관한 사업추진방법을 결정함으로써 국내에서 보유하거나 개발할 수 있는 기술・부품을 국외에서 도입하는 등 시행착오가 있어 왔고, 당해 무기체계의 사용여부를 판단하는 중요한 의사결정단계인 시험평가가 법적인 근거없이 수행되어 왔다. 이에 따라 방위사업청장은 당해 무기체계에 대한 연구개발의 가능성, 국방과학기술수준, 기술적・경제적 타당성 등에 대한 조사・분석을 거친 후에 방위력개선사업의 추진방법을 결정하도록 하며, 무기체계에 대한 시험평가의 기준・방법・시기 등의 시험평가계획을 수립하고 이에 따라 시험평가를 실시하도록 하였다. 이렇게 함으로써 방위력개선사업을 추진함에 있어 사전에 충분한 조사・분석을 거침으로써 시행착오를 최소화하고, 시험평가에 대한 법적근거를 마련함으로써 효과적인 방위력개선사업이 추진될 것으로 기대되었다. 

방위력개선사업에 대한 계획・예산편성 및 집행과정에 있어서 분석・평가가 제대로 이루어지지 아니하여 동일한 문제점이 반복적으로 발생되는 경우가 있었다. 이에 따라 방위사업청장은 방위력개선사업에 대한 분석・평가체계를 확립하여 분석・평가를 실시하되, 당해 사업의 예산이 집행되기 전에 계획수립, 예산이 집행되는 과정에서의 중간성과 및 예산집행이 완료된 후의 집행성과 등에 관한 분석・평가를 구분하여 실시하고, 그 결과를 활용하도록 하였다. 이로써 방위력개선사업을 수행하는 과정에서 합리적이고 효율적인 의사결정과 재원의 배분이 이루어질 것으로 기대하였다.

군수품을 획득할 때 반드시 필요한 품질보증업무가 체계적이지 못하고 법적인 근거없이 수행되어 왔었다. 이를 개선하기 위하여 방위사업청장은 획득하고자 하는 군수품이 당초 사용자의 요구조건에 부합하는지 여부를 확인하기 위하여 군수품의 품질을 검사하고 그에 따른 미비점에 대한 수정・보완방안이 포함된 품질보증계획을 수립하여 시행하도록 하였다. 이에 대한 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 국방기술품질원을 설립하도록 하였다. 품질보증업무에 대한 법적근거를 마련함으로써 군수품에 대한 품질보증이 체계적으로 수행되고 대외적인 신뢰성이 확보될 수 있을 것으로 기대되었다. 

자주국방의 능력을 확보하기 위하여 이에 필요한 국방과학기술의 개발 등을 법적으로 뒷받침할 필요가 있었다. 방위사업청장은 국방과학기술의 발전목표 및 기본정책과 이에 대한 추진방안 등 국방과학기술 발전에 관한 중・장기정책을 수립하여 추진하도록 하고, 국방과학기술 및 무기체계에 관한 정보를 체계적으로 확보・유통・관리하도록 하였다. 이로써 국방과학기술 개발을 효과적으로 추진하고, 국방과학기술의 선진화가 이루어 질 것으로 기대되고 있다. 

방위산업을 합리적으로 육성하기 위하여 시행되어 온 방위산업체의 전문화・계열화 제도가 방위산업의 공정경쟁 및 기술혁신에는 도움을 주지 못하고 있어 이를 폐지하기로 함에 따라 대기업자가 무분별하게 중소기업자를 인수・합병하거나 방위산업체 간의 중복투자 등이 발생할 수 있다. 이를 방지하기 위하여 방위사업청장은 대기업자가 중소기업자를 인수・합병하거나 방위산업체 간에 중복투자를 함으로써 방위산업의 효율성을 현저히 해할 우려가 있는 경우에는 산업자원부장관과 협의하여 대기업자에 대하여 사업의 인수 또는 확장의 시기를 연기하게 하거나 방위산업체에 대하여 투자의 시기 또는 규모를 조정하게 하는 등의 사업조정을 할 수 있도록 하였다. 향후 방위산업 관련 중소기업자의 안정적인 경영활동을 보장하고, 방위산업의 건전한 경쟁질서를 유지할 수 있을 것으로 기대되었다. 

「방위사업법」

〈제281회 국회 본회의 제12차 전체회의〉(2009.3.3.)  

〈제287회 제12차 국회 본회의 전체회의〉(2010.3.2.) 

〈제324차 제2차 국회 본회의 전체회의〉(2014.5.2.) 

〈제336차 제1차 국회 본회의〉(2015.8.11.) 

〈제324차 제1차 국회 본회의〉(2016.5.19.) 

〈제346차 국회(정기회) 제9차 전체회의〉(2016.11.30.) 

〈제349회 국회(임시회) 제5차 전체회의〉(2017.2.28.)