기준인건비제는 「지방자치단체의 행정기구 및 정원기준 등에 관한 규정」 제4조에서 지방자치단체는 기구와 정원을 기준인건비를 기준으로 자율성과 책임성이 조화되도록 운영하여야 한다고 규정하고 있다. 기준인건비의 제정 과정은 행정자치부장관이 지방자치단체의 행정수요, 인건비 등을 고려하여 매년 기준인건비를 산정하고 전년도 12월 31일까지 각 지방자치단체의 장에게 통보하여야 하며, 이 경우 행정자치부장관은 지방자치단체의 재정여건 등을 고려하여 지방자치단체가 기준인건비에 추가하여 자율적으로 운영할 수 있는 인건비의 범위를 함께 통보할 수 있다고 명시하고 있다. 한편 기준인건비의 구성요소, 산정방법 등 기준인건비의 산정과 자율범위의 규모 및 운영방법 등에 관한 구체적인 사항은 행정자치부장관이 정하는 바에 따르도록 하고 있으며, 행정자치부장관은 지방자치단체의 기준인건비 운영에 대한 분석을 실시하고 그 결과를 다음 연도 기준인건비에 반영하는 등 필요한 조치를 할 수 있다고 적시하고 있다.
기존의 총액인건비제는 지방자치단체의 총 정원과 인건비 총액 한도를 이중으로 관리하였기 때문에 지방자치단체에서 자율적으로 조직을 운영하는 데 있어서 상당한 제약이 있었다.
이에 비하여 기준인건비제는 행정자치부가 제시하는 기준인건비에 따라 지방자치단체가 자율적으로 정원을 운영할 수 있고, 여기에 더하여 지방자치단체가 복지, 안전 및 지역별 특수한 행정수요에 탄력적으로 대응할 수 있도록 인건비의 추가적인 자율범위를 1%~3%까지 허용하며 자율범위는 지방자치단체별 재정 여건에 따라 결정된다는 점에서 지방의 인력관리에 대한 자율성과 탄력성이 제고되었다는 의미를 갖는다.