특정평가를 실시하기 위해 국무총리는 정부업무평가시행계획에 당해 연도 특정평가의 기본방향에 관한 사항, 특정평가의 대상, 방법, 평가결과의 활용 및 조치에 관한 사항 등을 반영하여야 한다. 그리고 특정평가의 시행에 앞서 구체적인 평가방법, 평가기준, 평가지표 등을 마련하여 이를 평가대상기관에 통보하고 공개하여야 한다.
특정평가는 자체평가와 달리 국무총리에 의한 하향식 평가로써 평가대상기관은 특정평가 부문별로 평가실시에 필요한 실적자료 등을 제출하고, 이를 근거로 평가를 실시하게 된다. 다만, 각 중앙행정기관이 추진한 정책 등의 국민 만족도 조사의 경우에는 관련 전문기관에 의뢰하여 평가를 실시한다. 이 때, 평가 실시를 위해 국무총리는 특정평가 대상이 되는 정책 및 시책을 주관하는 중앙행정기관에 평가의 실무를 수행하도록 하고, 평가결과를 정부업무평가위원회에 제출하도록 함으로써 효율적인 평가수행을 도모하고 있다. 중앙행정기관을 대상으로 실시한 특정평가 각 부문별 평가 결과는 정부업무평가위원회의 심의·의결을 거쳐 최종 확정되며, 각 중앙행정기관에 대한 특정평가 결과는 일반에 공개하도록 하고 있다.
2006년 시작된 특정평가는 크게 관리대상 업무평가와 고객만족도 평가로 나뉘며 관리대상업무평가에는 혁신관리평가, 정책홍보관리평가, 법적 의무·권장사항평가, 법제업무평가, 정보공개평가, 대통령지시사항관리평가, 규제개혁평가, 청렴도 평가, 위기관리평가 부문이 있으며, 고객만족도 평가는 주요정책만족도평가와 민원행정서비스만족도로 구성되었다. 이후 이명박 정부 하에서 특정평가는 핵심과제, 일자리과제, 녹색성장과제, 정책관리역량, 규제개혁, 정책홍보, 국민만족도 등 7개 부문으로 운영되었고, 박근혜 정부 하에서는 국정과제 평가 중심으로 재편되었는데, 2013년에는 국정과제평가와 국정과제지원평가(일자리창출, 규제개혁, 부처 간 협업, 정책홍보)로 구성되었으며, 2014년은 국정과제평가, 비정상의 정상화과제평가, 규제개혁평가, 기관공통사항평가(홍보, 협업, 정부3.0, 업무태도, 특정시책)로 구성되었다.
2015년도 특정평가의 경우 국정과제평가, 규제개혁평가, 비정상의 정상화과제 평가, 정책홍보평가, 기관공통사항평가(정부3.0, 협업, 특정시책 등) 등으로 구성되며, 세부 부문별 평가결과를 기관별로 합산하여 기관 차원의 국정성과 제고를 독려하기 위하여 기관종합평가를 시행하도록 되어 있다.