“납북피해자 보상 및 지원 심의위원회”는 2007년 11월 30일 발족하여 공식 활동을 시작했다. 위원회는 위원장을 포함 9인 이내로 구성하되, 국무총리가 위촉·임명한다. 민간위원은 임기 2년의 6명 이내로 하되, 법률·인권·납북자·남북관계 전문가와 납북피해자단체 추천자(1인)로 구성된다. 정부위원은 3명 이내로 하되, 통일부·법무부·행자부 소속 고위공무원중 소속기관장이 추천하는 자로 구성된다.
위원회는 효과적인 임무 수행을 위하여 산하에 “납북피해 조사 및 심사 분과위원회(6인)”와 “납북피해 산정 분과위원회(6인)”를 설치하였다. 또한 위원회 및 산하 2개 분과 위원회의 활동을 지원하기 위해 납북피해자지원단을 설치·운영하였다(통일부 장관 지휘·감독).
지금까지 위원회는 3기 체제로 운영되어 왔다. 제1기의 임기는 2007년 11월 6일부터 2009년 11월 5일까지였고, 제2기의 임기는 2009년 11월 6일부터 2011년 11월 5일까지였다. 2012년 이후 일정 기간 안건이 없어 위원회는 구성되지 않았다. 그 이유는 납북피해자의 피해위로금 등 신청기간(2007년 10월 28일~2010년 10월 27일)이 종료되고, 보상·지원 업무가 사실상 마무리(2011.10월)되어 안건 상정이 없었기 때문이었다. 이후 2013년에 제3기 체제가 가동되어 현재에 이르고 있다. 제3기의 임기는 2013년 10월 14일부터 2015년 10월 13일까지이다.