한국거래소는 유가중권의 상장, 매매거래 체결, 시세공표, 시장의 제도개선 등에 관한 업무를 담당하였다. 한국거래소는 유가증권의 상장 여부를 심사하는 업무를 수행하였다. 또한 유가증권 발행회사의 경영상 문제로 인해 공익 또는 투자자 보호에 문제가 있거나 당해 유가증권의 공정한 가격 형성과 유통에 지장이 초래되는 경우 일정기간 매매거래를 정지하거나 상장을 폐지하는 등의 조치를 취하였다. 다만 상장폐지의 경우 상장폐지 기준에 해당된다고 해서 곧바로 시행하면 당해종목 투자자들의 재산상 손실이 클 수 있으므로 일단 관리종목으로 별도 지정하여 일정한 상장폐지 유예기간을 부여한다. 관리종목 지정사유가 해소될 경우에는 관리종목 지정을 해제하였다.
한국거래소는 유가증권시장으로 주식시장, 채권시장,ETF · ELW시장 및 기타시장을 개설·운용하며 각 시장의 종합시세, 매매동향, 거래실적 등의 정보와 해외시장 정보를 제공하였다. 코스닥시장은 유가증권시장의 주식시장보다 상장조건을 완화하여 기업규모는 작지만 성장잠재력이 높은 벤처기업, 유망 중소기업들의 원활한 자금조달을 도모하고자 개설·운영되었다. 유가증권시장과 코스닥시장의 거래일은 월요일-금요일, 거래시간은 9:00-15:00이며 7:30-9:00를 장 개시 전 시간외시장, 15:10-18:00를 장 종료 후 시간외시장으로 운영하였다. 거래소시장에서 유가증권을 매매할 수 있는 자는 한국거래소의 회원에 한정되므로 일반투자자는 증권회사 등의 회원사를 통하지 않고서는 거래소시장에서 매매거래를 할 수 없다. 회원으로부터 거래소에 제출된 주문은 거래소가 업무규정에서 정한 원칙에 따라 매매가 체결되며, 거래소는 체결결과를 회원에게 통보하고 회원은 이를 다시 고객에게 통지하였다.투자자는 매매체결분에 대하여 매매체결일부터 기산하여 3일째 되는 날까지 매매거래를 위탁한 회원에 매수대금 또는 매도증권을 납부하여야 하며 회원은 이를 거래소와 결제함으로써 매매거래가 완료되었다.
한국거래소는 유가증권시장,코스닥시장,파생상품시장에서의 불공정거래 행위를 예방·규제하고 회원 및 투자자,회원 상호간의 분쟁을 조정하기 위해 시장감시위원회를 두고 있었다. 동 위원회는 시장 감시, 이상거래 심리 및 회원에 대한 감리, 시장 간의 연계 감시, 거래관련 분쟁의 자율조정 및 회원 또 는 관련 임직원에 대한 징계 결정, 관련 규정의 제·개정 업무 등을 수행하였다.
2011년 6월 말 기준 전체회원은 총 94개 기관이며 이 중 유가증권 거래회원은 87개, 파생상품 거래회원은 61개이었다. 한국거래소의 이사회는 이사장 1인, 시장감시위원장 1인, 상임이사 5인, 사외이사 8인으로 구성되었다. 이사회에서는 경영목표와 예산 및 운영계획, 거 래소의 업무와 경영에 관련된 중요규정의 제·개정 및 폐지, 주요자산의 처리, 대규모 재산 및 장기차입금의 차입, 다른 법인에 대한 출자·출연, 주주총회 부의안건 결정 등을 결의하였다.