호주제 폐지는 1960년 신민법 시행이후 2005년 호주제 폐지까지 근 45년 동안 가족법 개정운동의 핵심사항으로 이를 요구하는 여성계와 반대하는 유림 및 남성수구 집단 간의 갈등을 빚었다.
1958년 1차 가족법 개정은 신민법 제정과정에서 이루어졌다. 호주권이 약화되고 호주상속과 재산상속이 분리되었다. 1962년에는 소가족제도를 채택하여 차남 이하는 혼인과 동시에 분가되도록 개정되었다.
1973년, 61개 여성단체가 모여 ‘범여성가족개정촉진회’를 결성하고 호주제도 폐지를 비롯한 가족법 개정 10대 요강을 발표했다. 1977년 2차 가족법 개정이 이루어졌으나 호주제 폐지는 포함되지 않았다.
1984년에도 78개 단체로 ‘가족법 개정을 위한 여성연합회’를 결성하여 토론회, 캠페인을 펼쳤다. 1989년 3차 가족법 개정이 이루어졌는데, 장남도 호주상속을 포기하고 분가할 수 있는 등 몇 가지 조항이 바뀌었다. 1997년에는 헌법재판소가 동성동본 금혼 규정에 대해 헌법 불합치 결정을 내렸다. 1999년 유엔인권이사회는 한국정부의 국제인권규약 관련 인권상황보고서 심사결과에서 “호주제는 남성우위사회를 반영하고 있다”고 지적하였다.
2000년 9월 131개 단체가 참가하는 ‘호주제 폐지를 위한 시민연대’가 발족하여 국회에 ‘호주제 관련 법 조항의 개폐에 관한 청원서’를 제출했고, ‘호주제 위헌 소송’을 제기하였다. 2003년 1월 9일여성부는 호주제 폐지 및 ‘가족별 호적편제’ 도입 방안을 추진하였고, 같은 해 2월 16일 대통령직 인수위원회는 호주제 폐지를 ‘12대 국정과제’로 선정하였다. 2003년 9월 4일 법무부는 호주제 폐지민법 개정안을 입법예고하였고, 같은 해 11월 20일 헌법재판소의 호주제 첫 공개변론이 시작되었다. 헌법재판소는 최종적으로 호주제 규정 민법 781조 1항 및 778조의 헌법불합치를 결정하였다. 2004년 호주제 페지를 내용으로 하는 민법중 개정법률안이 발의되었고, 2005년 3월 국회본회의에서 민법 개정안이 통과되어 호주제는 폐지되었다.