수산업에 대한 이 제도의 관련 규정으로서 「수산물품질관리법」제23조 제1항에 의하면, “농림수산식품부장관은 외국과의 협약에 규정되어 있거나 수출상대국에서 정하여 요청하는 경우 수출을 목적으로 하는 수산물 및 수산가공품에 위해물이 섞여 들어오거나 남아있는 것 또는 수산물 및 수산가공품이 오염되는 것을 방지하기 위하여 생산․가공 등 각 단계를 중점적으로 관리하는 위해요소중점관리기준을 정하여 고시한다” 라고 하고 있다. 반면 동 법 제23조 제2항에서는 국내에서 생산되는 수산물의 품질향상과 안전한 생산․공급을 위하여 생산단계․저장단계와 출하되어 거래되기 이전 단계의 과정에 위해물로 인해 오염되는 것을 방지하기 위해 역시 관리기준을 정하여 고시하도록 하고 있다. 

한편 위해요소중점관리기준을 이행하는 시설을 운영하는 자는 그 시설을 농림부장관에게 등록할 수 있고, 그 사실을 표시하거나 광고할 수 있다. 이때 시설운영자가 등록을 하기 위해서는 생산․가공시설의 구조 및 설비에 관한 도면, 생산․가공시설에서 생산․가공되는 제품의 제조공정도, 생산․가공시설의 용수배관 배치도, 위해요소중점관리기준의 이행계획서, 생산․가공용수에 대한 수질검사성적서, 어업 또는 수산물가공업의 면허 등에 관한 증빙서류 등을 첨부하여 수산물 품질검사원장에게 제출하여야 한다. 반면 농림수산식품부장관은 시설운영자가 요구할 경우 등록되었다는 사실을 증명하는 서류를 발급하고 생산․가공시설들이 관리기준에 맞는 지를 연 1회 이상 조사․점검하되 외국과의 협약에 규정되어 있거나 수출상대국에서 정하여 요청하는 경우 그에 따를 수 있다. 아울러 농림수산식품부장관은 관리기준을 준수하고자 등록한 자나 등록을 하려는 자에게 필요한 기술․정보를 제공하며 이 제도에 관한 교육훈련을 실시할 수 있다.