2006~2007년의 제2차 시범사업 기간 중에는 대상품목을 넙치, 굴, 김 외에 뱀장어, 미역, 바지락, 참조기, 훈제송어, 멸치, 조피볼락의 7개 품목을 추가하여 총 10개 품목을 대상으로 시범사업을 실시했다. 이 기간 중에는 신규 대상 품목에 대한 가이드라인 작성은 물론, 대상품목 전체에 대한 현장적용 및 평가를 시행하였고, 특히 수산물 이력추적제에 대한 법적 근거 마련에 주력하였다. 그리하여 2007년 8월 3일 법률 제8624호로 「수산물품질관리법」을 개정, 제2조에 6의 2를 신설하여 “수산물이력추적관리란 수산물을 생산단계부터 판매단계까지 각 단계별로 정보를 기록·관리하여 해당 수산물의 안전성 등에 문제가 발생할 경우 해당 수산물을 추적하여 원인규명 및 필요한 조치를 할 수 있도록 관리하는 것을 말한다."고 규정하였다. 

2007~2008년의 3차 시범사업 기간 중에는 품목을 다소 수정하여 넙치, 김, 염장미역, 건미역, 굴비, 건오징어, 바지락, 다시마를 대상으로 신규 품목에 대한 가이드라인 작성, 현장적용 및 평가를 하였다. 3차 시범사업 기간 중에는 동 사업에 참여하는 유통업체를 확대하는데 주력했는데, 2008년 8월 현재 참여업체 수는 270개를 다소 상회하고 있다.

또한 3차 시범사업 기간 중에는 관련 제도의 개정이 있었는데 우선 수산물 이력추적의 정의로서 제2조 7호로 “수산물이력추적관리란 수산물을 생산단계부터 판매단계까지 각 단계별로 정보를 기록·관리하여 해당 수산물의 안전성 등에 문제가 발생할 경우 그 수산물을 추적하여 원인규명 및 필요한 조치를 할 수 있도록 관리하는 것을 말한다"라고 수정하였다. 한편 2008년 8월 이후부터는 지금까지의 경험을 바탕으로 본 사업을 실시할 계획이다.

또한 이때 필요한 등록기준은 「수산물품질관리법 시행규칙」 제16조의2에서 정하고 있는데 그 구체적인 내용을 보면, ① 생산단계부터 판매단계까지 이력추적관리가 가능하도록 이력정보가 관리되는 수산물일 것 ② 생산단계부터 판매단계까지 이력정보가 제공될 수 있는 수산물일 것 ③ 수산물이력추적관리기준에 따라 관리될 수 있는 수산물일 것 ④ 생산단계부터 판매단계까지 리콜 등 사후관리체계를 갖추고 있는 수산물일 것 등이다. 

또한 이때 등록사항을 구체적으로 보면, 생산단계(단순가공을 포함한다) 경우 품목명, 생산자 성명, 생산자 주소, 생산자 전화번호, 양식장 위치 또는 산지 위판장 주소(어획물인 경우만 해당한다) 등이고, 유통단계 경우 유통업자 성명, 유통시설 명칭, 유통시설 소재지, 유통시설 전화번호 등이며, 판매단계 경우 판매업자 성명, 판매처 명칭, 판매처 소재지 등이다. 

한편 이력추적관리품에 표시를 하려는 경우에는 해당 수산물의 포장ㆍ용기의 표면 등에 이력추적관리품의 표지 및 표시사항을 붙이거나 인쇄하여야 한다. 다만, 포장하지 아니하고 판매하거나 낱개로 판매하는 경우에는 해당 물품에 스티커를 부착하거나 표시판 또는 푯말로 이를 표시할 수 있다고 하고 있다.