김대중 대통령 정부는 취임 전 당선자 기간에 조직개편을 공개적으로 준비하였다. 정권 인수 준비 과정에서 서울대학교 행정학 김광웅 교수를 정부조직개편심의위원회 실행위원장에 임명하고 정부조직 및 직제 개편, 공무원 인력 조정방안을 마련하도록 하였다. 대통령직인수위원회에서는 1998년 1월 7일 박권상을 위원장으로 한 ‘정부조직개편심의위원회’를 구성하고 심의위원회와 실행위원으로 구성하여 정부조직개편안을 만들고 적부조직의 개편방향과 관련해 감량화와 능률화의 원칙을 제시했다. 정부조직개편심의위원회는 행정쇄신안, 공공정책학회안, 한국개발연구원(KDI)안 등 3가지의 시안을 기초로 하여 정부조직 개편안의 작성에 착수하였다. 

정부조직개편심의위원회에서 만든 안은김영삼 정부 기간 내에서 ‘정부구조조정방안심의위원회’가 성안하고 정부(총무처)가 제안한 정부조직개편안을 기초로 하였다. 김대중 정부는 전 정부의 조직개편의 유용한 경험을 갖고 출발하였다. 당시의 김대중 대통령 당선자는 정부조직 개편의 당위성을 인정하고, 전 정부에서 마련된 개편안을 원용함으로써 개혁의 연속성을 인정하려는 합리적인 접근으로 시작되었다고 해석된다.

위원은 정치․행정․법조․언론․학계 등에 걸친 13인으로 구성된 심의위원회과 학계, 국책연구소 연구위원, 국민회의 총재특보, 관료 등 9인으로 실행위원으로 나뉘어 구성되었으며 1998년 1월 7일부터 2월 24일까지 약 50여일 동안 활동하였다. 그 법적지위는 온전치 못했지만 정치적 의지를 갖는 조직은 그 역할을 해 낼 수 있음을 보여주었다.