우리나라의 근대적 교육행정은 1894년의 갑오경장으로부터 시작되었다. 당시 개혁을 주도했던 군국기무처는 중앙관제를 개혁하여 의정부를 설치하였고, 여기에 근대교육의 최고 행정기관인 학무아문이 설치되었다. 이것은 경국대전으로부터 대전회통으로 이어져온 종래의 제도, 즉 예전 등 재래의 교육법제와 기존의 교육행정기관이었던 예조가 폐지되었음을 의미했다. 근대적인 교육행정의 최고기관으로서 학무아문은 이듬해 학부로 개칭하고, 새롭게 신설되기 시작한 근대적인 교육기관에 관한 사항과 유학생 사무를 전담하는 학무국을 두었으며, 교과용 도서의 검정 및 편찬을 관장하는 편집국 등을 설치하였다. 그리고 관상소 및 성균관에 관한 사항도 별도로 관장하게 하였다.

대한제국 초기부터 점차적으로 초등, 중등, 실업, 교원 교육에 관한 법적인 체제가 마련되기 시작하였고, 이러한 근대적인 학교의 보급과 정착을 위해서 그 비용을 국비로부터 충당하고 있었다. 특히 소학교의 설립과 운영비 지원을 위한 재정보조규칙이 마련되었고, 이러한 원칙은 점차 국비로 운영되는 관립학교와 지방비로 운영되는 초·중등교육단계의 각급 공립학교를 전국에 확대 증설하는 것으로 발전해 나갔다. 아울러 보통학교의 소재지에는 학교 보급 및 운영상의 보좌와 자문을 위해 학무위원을 설치하여 향후의 교육 자치제도를 예비하기도 하였다. 또한 각 학교의 교원에 관해서도 자격 및 임용이나 승급에 관한 사항이 엄격한 법령으로 규정되었고, 일반 공무원에 준하는 관등봉급령을 적용하여 주임관 혹은 판임관으로 대우하였다.

강제병합 이후 식민지 중앙행정기구인 조선총독부에서 교육 사무는 내무부 산하의 학무국에서 관장하도록 하였다. 학무국에는 학무과와 편집부를 두었는데, 학무과는 각급 학교와 학교제도, 유치원 및 도서관과 관련한 제반 업무를 담당하였고, 편집부에서는 교과용도서의 편집과 인가에 관한 사항을 관장하도록 하였다. 식민지 교육행정에서 특히 주목할 만한 제도로는 시학관제도의 도입이었다. 시학관의 임무는 식민당국이 공포한 교육에 관한 각종 법령과 규칙들이 학교 현장에서 제대로 시행되고 있는지 감독·지시하고, 각 지방학교를 수시로 시찰하여 그 현황을 조선총독부에 보고하는 일이었다. 총독부에 시학관 4인을 두고, 각 도에는 도시학관 1인을 배치하며, 또 각 도와 부에는 도시학 및 부시학을 두도록 하였다. 시학관 및 시학은 특히 지방의 공립보통학교를 지도·감독하기 위한 시찰을 강화하였고, 학생들의 사상 선도를 함께 담당하였다. 아울러 각 지방의 보통학교장에게 해당지역의 사립학교와 서당 등을 시찰하게 하여 실질적인 군시학의 업무를 담당하게 하기도 하였다.

강제병합 당시 조선총독부는 조선인과 조선에 거주하는 일본인의 공학은 애초부터 고려하지 않았다. 나아가 해당 지역에서 필요로 하는 교육비용도 조선인과 일본인이 각기 구별되는 재정운영조직을 두어 필요한 경비를 마련하도록 하였다. 즉, 일본인은 일본인을 위한 교육비용을 부담하고 조선인은 조선인 교육에 필요한 경비를 부담하도록 하는 정책이었다. 강제병합 이전부터 조선에 거주하는 일본인들은 일본 국내법에 근거를 둔 거류민단 등의 자치조직을 구성하고, 학교조합을 통해 일본인만을 위한 초·중등학교를 설립·운영해 오고 있었다. 일본인들은 거류민단 등을 자치적인 지방행정기구로 인정해 줄 것과 학교조합의 존치를 강력하게 요구하고 있었다. 조선총독부는 일본인 거류민단을 해체하고 조선인과 동일한 일반 지방행정기구로 편입시켰음에도, 거류민단 재정의 대부분을 차지하는 학교조합은 별도의 자치기구로서 계속해서 운영될 수 있도록 하였다. 한편, ｢공립보통학교비용령｣이나 ｢조선학교비령｣을 제정하여, 조선인의 공립학교 재원 조달을 위해서는 일종의 공공조합인 학교비를 설립하도록 하였다. 이리하여 교육재정 운영상에서 조선인과 일본인은 각각 학교비와 학교조합이라는 별개의 교육재정주체를 설립하고, 각자의 교육사업에 필요한 경비를 스스로 조달·운영하게 되었다.

3·1운동을 계기로 식민지 교육정책에서도 커다란 변화가 시도되었다. 조선총독부의 조직 기구가 부제에서 국제로 편성되면서, 기존 교육에 관한 업무를 관장하던 내무부 산하의 학무국은 총독의 직속 부서인 학무국으로 확대 개편되었다. 각급 학교 사무 외에도 관측소와 경학원의 업무가 추가되었다. 특히 경학원의 사무가 학무국으로 이관되면서, 유학사상을 본격적인 사회 교화사업에 이용하기 시작하였다. 3·1운동 이후 조선인들을 식민통치에 순화시키는 사회교화사업의 필요성이 제기되면서, 학교제도가 포괄하지 못하는 사회 각 영역에서 온건사상을 함양시키기 위한 사상통제와 정신교화를 도모하지 않을 수 없었던 것이다. 경학원을 통해 충·효의 윤리를 강조하는 강연회나 강습회 등이 광범위하게 개최되었고, 각 지역에서는 청년회와 교육회 등을 조직하여 일본어 강습회나 시국 강연회 등을 적극적으로 개최하였다. 또한 학무국에는 종교과를 신설하여 일본의 신사와 각종 종교 관련 업무를 관장하게 하였다. 3·1운동이 종교단체와 연계되어 확산되었던 점에 주목하여, 일본의 종교를 적극적인 통치 수단으로 활용하고 여타의 종교활동에 대해서는 감시·통제하기 위함이었다.

지방제도가 정비되고 공립 보통학교를 수립·운영하는 주체로서 각 부 및 군·도에 학교비를 설립하고 아울러 학교평의회를 설치하도록 하였다. 학교평의회는 부윤 및 군수·도사를 의장으로 하는 학교운영 설립 및 운영에 관한 자문기구로, 그 회원은 투표로 선출되는 것을 원칙으로 하였다. 외면적으로는 교육자치를 지향한 것이었으나, 실제로 그 운영에 있어서는 조선총독부나 지방행정기구의 포괄적인 권한 하에서 매우 제한적인 업무만을 처리할 수 있었다. 나아가 학교평의회의 선거권 및 피선거권 자격으로는 매우 엄격한 납세조건이 규정되어 있어, 실제로 그것을 충족시키는 조선인은 지주나 자산가 등 극히 제한적인 계층에만 한정되었다. 학교비와 학교평의회는 조선인 교육사업을 위한 비용 마련에 있어서 국고나 지방비 등 공적인 영역의 부담을 줄이고, 이를 해당 지역의 조선인들에게 조세에 준하는 부과금의 형태로 징수하기 위해 설립한 특수한 형태의 지방공공단체였다.

식민지시기 교육 행정에 있어서 주목해야 할 것은 사립부문에 대한 통제 정책이었다. 정부에 의해 관립과 공립으로 근대적인 학교시설을 보급·확충해 나아가는 것과 동시에 일찍이 개화기시기부터 민간부문에서의 교육사업이 활발하게 전개되어 왔다. 선교사들에 의해 설립 운영되는 기독교계 사립학교를 비롯하여, 쇠락한 국운을 교육을 통해 회복하려는 민족주의 진영의 교육구국운동도 민간 교육 부문의 큰 축을 형성해오고 있었다. 그러나 일제는 이러한 민간의 교육 영역에 대한 감시와 통제 정책을 점차 강화해 갔다. 일찍이 통감부시기에 ｢사립학교령｣(1908년)을 공포하여, 모든 사립학교의 설립, 재정, 교육과정, 수업료, 교원의 자격 등 학사업무 전반에 관해 학부가 감독권을 갖는 것으로 규정하였다. 강제병합 이후 제정된 ｢사립학교규칙｣(1911년)은 민간부문의 교육사업에는 더욱 가혹한 것이었다. 설립자 및 교원의 자격기준을 엄격히 규정하였고, 조선총독부에서 편찬한 교과서를 사용하도록 하여 교육과정을 통제하였으며, 이를 규정한 법령을 준수하지 않는 사립학교에 대해 폐쇄령을 내렸던 것이다. 1915년에 개정된 ｢사립학교규칙｣에서는 학교교육에서 종교교육을 금지한다는 명분으로 공립학교에 준하는 교육과정 이외의 학과목을 추가하지 못하도록 엄격히 통제하였다. 그리고 교원의 자격기준도 강화하여 일본어에 능통할 것을 요구하여 결국 사립학교에 일본인 교사가 채용되도록 강요하였다. 이러한 일련의 사립학교에 대한 탄압으로 민간부문의 교육사업은 크게 위축될 수밖에 없었다. 강제병합 이전에 ｢사립학교령｣의 엄격한 기준에 의해 인가된 사립학교만 해도 1910년에 2,250개교였으나, ｢사립학교규칙｣이 제정된 이후인 1912년에는 1,317개교로 급감하였고, 3·1운동 당시인 1919년에는 690개교만이 운영될 수 있었다.

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