정부는 보건의료, 어린이 등 취약 계층 지원 및 농업개발 분야 등의 지원 활성화를 위해 2000년부터 민간단체가 추진하는 대부 지원 사업 중 지원의 시급성, 북측 수혜 대상과 분배 지역, 분배 투명성 확보 정도 등을 고려하여 일정 요건을 갖춘 인도적 지원 사업에 대해 남북협력기금을 지원해오고 있다.

민간단체의 대북지원 사업에 대한 남북협력기금 지원은 1개 민간단체가 추진하는 1개 사업에 기금을 지원하는 개별사업과 정부 협조하에 3개 이상 단체가 참여하는 합동사업에 대한 지원으로 나눌 수 있다.

개별 사업에 대한 지원은 2000년 7개 단체에 33.8억 원, 2001년 13개 단체에 38.4억 원, 2002년 13개 단체에 54.5억 원, 2003년 18개 단체에 75.5억 원, 2004년 21개 단체에 88.3억 원, 2005년 26개 단체에 77.8억 원, 2006년 33개 단체에 80.8억 원 등 6년 간 총 449억 원 상당의 남북협력기금을 지원하였다.

개별사업의 지원 분야 및 품목은 점차 다양해지고 있다. 2006년의 경우 농업 분야의 씨감자·젖소 농장·젖염소 농장·조림 사업 등에, 보건의료 분야의 병원 및 제약공장 시설 기자재·의약품·의료 기자재 등에, 취약계층 지원의 경우 육아원이나 소학교 어린이 급식(빵, 국수, 콩우유 등)·공책 공장 등에 남북협력기금이 지원되었다. 이와 함께 재배 농법 전수, 공동 의료 시술, 콩우유 작동법, 제약공장 GMP(good manufacturing practice) 기술 전수 등 관련 전문가들의 교류도 활발히 진행되었다. 국내산 농수산물을 북한에 지원하기 위한 농수산물 수송비의 경우 2001년부터 2006년까지 3개 단체에 대해 86.7억 원의 기금을 지원하였다.

또 못자리용 비닐 지원 사업에 2005년 16억 원, 2006년 7억 원의 기금을 지원하였다.

모니터링 및 사업 협의 등을 위한 민간단체 방북인원도 1998년 34명, 1999년 49명, 2000년 144명, 2001년 384명으로 꾸준히 증가하였다. 또한 2002년 이후 직항로를 통한 민간단체 기증자의 현장 확인 형식의 대규모 방북도 추진되어 2006년 5차례 476명 포함 총 5586명의 직항로 방북이 있었다.

한편 2004년 용천 재해와 대북지원 10년의 경험을 바탕으로 개별 단체나 개별 사업의 일회성 지원보다는 북한의 자립 자활 능력을 제고시키기 위한 중장기사업 추진 필요성이 제기되었고 이를 위해 합동사업을 추진하기로 하였다. 2005년 합동사업으로는 주거환경 개선 사업, 축산 현대화 사업, 농업 보건 용수 개발 사업,모자보건 복지사업, 병원현대화 사업 등 5개 사업이 추진되어 이에 40여억 원의 기금을 지원하였다.

통일부, 《2003통일백서》,《2006통일백서》,《2007통일백서》

이금순, 《대북지원민간단체의 남북교류협력 연구》 통일연구원, 2004