1945년 해방과 더불어 시작된 미군정하에서 그 동안 일본의학에 의존해 왔던 우리나라는 미국의 발달된 의학과 의료제도를 도입하여 현재의 의료제도의 골격을 형성하게 되었다.

1950년「국민의료법」,1953년「노동기준법」, 1954년「전염병예방법」을 제정·공포하는 등 정부의 노력에도 불구하고 정부수립 전에는 주축이었던 공공병원은 늘어나는 민간병원에 비해 부족한 실정이었다. 당시는 우리나라의 경우 경제발전이 최우선 과제일 수밖에 없었던 시절이어서 국립의료기관에 대한 보건의료정책은 우선순위에서 밀릴 수밖에 없었다.

1960년 이후 의료공급원은 민간부문이 주도하게 되었고 상대적으로 공공의료기관은 점차 저소득층, 생활보호대상자의 구료기관으로서의 자리매김하게 되었다.

1971년 1월 1일부터는「지방공기업법」이 제정, 시행됨에 따라 공공의료의 주축이었던 기존의 시·도립병원이 지방공기업으로 운영되게 되었다.

그 동안 만성적인 경영적자를 면치 못하는 시·도립병원은 1982년 7월 1일부터 간접경영방식의 지방공사로 운영체제를 전환시켜 현재에 이르고 있다. 35개의 국립병원 28개의 시·도립병원, 35개의 지방공사의료원, 33개의 특수법인병원 등으로 국립의료기관 체제를 형성하게 되었다.

1997년 말 IMF 경제위기를 계기로 정부는 긴축재정과 효율성 제고를 이유로 일방적으로 공공부문에 대한 민영화 및 구조조정을 추진하였으며 국립의료기관도 사업내용이 갖는 ‘공공성’이 고려되지 않은 채 민간병원과 수익성의 관점에서 비교되었고, 이에 대한 대안으로 민영화 내지 인력감축안이 제시되었다. IMF 경제위기상황에서 대량실업 및 절대빈곤층의 증가로 의료소외계층에 대한 공공의료수요는 증대하였음에도 불구하고 국립의료기관은 민영화, 구조조정이 추진되었다.

2001년 1월 12일에「공공보건의료에 관한 법률」이 제정되면서, 공공보건의료기관이 갖는 저소득층의 사회안전망과 민간의료기관의 보완과 견제역할 수행, 국민건강 증진에 차지하는 비중을 고려하여 공공보건의료기관의 역할을 재정립하고, 기관간 기능분담과 상호연계를 이루어 계층간 지역간 보건의료의 형평성을 높이고 질과 효율성을 향상시켰다.

우리나라의 공공의료기관은 의료시설이 절대적으로 부족했던 정부수립 초기부터 국민에 대한 의료서비스의 제공에 많은 역할을 수행하여 왔다. 국민건강 증진을 위하여 특수목적 수행을 위한 공공의료기관으로 전반적인 국가 의료수준 및 의료기술 향상, 나병·정신병·결핵·암 등 특정분야의 환자 진료나 연구, 군인이나 경찰 및 산업재해근로자의 진료, 인도주의 실현과 인류복지 공헌 등 공익적 가치가 있는 보건의료를 제공할 목적으로 설립·운영되는 의료기관이다.

가. 정의
국가·지방자치 단체 기타 공공단체가 설립·운영하는 보건의료기관이며, 여기서 대통령령이 정하는 공공단체라 함은 지방공사 또는 지방공단, 한국보훈복지공단, 서울대학교병원, 국립대학교병원, 한국원자력연구소, 정부투자기관, 국립암센터, 대한적십자사, 국민건강보험공단, 산업재해보상보험 관리기구와 지정 법인을 말한다.

나. 기능

국립의료기관이라 함은 국가나 지방자치단체가 국민보건이라는 공익사업을 목적으로 설립 운영하는 공공의료기관을 말하는데 기관별로 그 기능을 살펴보면 다음과 같다.

시·도가 운영하는 지방공사 의료원 및 군에서 운영하는 보건의료원은 주민에 대한 일반적인 의료서비스를 제공하는 공공의료기관이다. 국가의 의료수준 및 의료기술의 향상을 목적으로 하는 국립의료기관은 의료관련 분야의 연구와 조사 등을 통하여 국가의 의료수준의 전반을 향상시키며 의료관계자의 교육과 조사·연구 사업도 수행하고 있다.

의료관련 분야의 교육, 특정질환의 진료와 연구를 목적으로 하는 의료기관이 있는데, 특정분야의 환자 진료는 물론 해당 질환에 대한 연구를 수행하는 것을 목적으로 하는 나병원, 정신병원, 결핵병원, 재활병원, 암의 진료와 연구를 목적으로 하는 원자력병원이 이에 속한다.

특정집단의 환자진료를 목적으로 하는 의료기관으로 특정분야 및 계층의 집단에서 발생하는 환자 진료를 수행하는 것을 목적으로 하는데, 군인이나 경찰공무원 및 전투경찰대원의 진료를 담당하는 군병원이나 경찰병원 및 산업재해 근로자를 위한 산재의료관리원과 상이군경이나 국가 유공자 등을 위한보훈병원 등이 있다.

특정목적의 달성을 위한 의료기관으로 적십자병원은 인도주의의 실현과 인류복지에 공헌 등을 수행하는 것을 목적으로 하고 있다.