정부수립과 동시에 해안경비대는 대한민국 해군으로 재발족하여 해안경비와 해상수호의 임무를 완수하기 위한 체제정비를 단행하였다. 해안경비대가 해군으로 재출발한 법적 근거는 육군과 마찬가지로 「국군조직법」(1948.11.30)이었다. 이보다 앞서 해안경비대로부터 공식 해군으로 출발하기 전 정부 수립 절차의 하나로 각종 제도와 편성을 조정하였다.

해안경비대가 장차 한국의 해군으로 전환될 수 있으리라는 전망 속에서 문제는 타결되었다. 미군정은 간부육성을 위한 사관학교를 설치하는 것에 동의함으로써 200명 수준에 이르는 해안경비대를 조직하고 본부는 진해에 설치할 것에 합의했던 것이다.

해안경비대는 이미 8월 16일 국방부 훈령 제1호에서 해군이라 불렸고, 8월 30일 함정의 국문기호 또한 숫자 기호로 변경했던 것이다. 그러나 해안경비대가 공식적으로 호칭을 변경한 것은 국군에 편입되고 난 후인 9월 5일의 일이었다. 

해군의 개편은 1948년 11월 30일 공포된 법률 제9호 「국군조직법」에 이어 12월 7일 대통령령 제37호「국방부 직제령」에 의거하여 해군 기구의 강화로 나타났다. 해군의 조직 가운데 최고 지휘관은 총참모장으로서 대통령, 국방부장관의 지시를 받아 해군의 용병작전인 해상작전을 통할하여 예하부대와 학교, 함대를 지휘 감독하는 것을 임무로 하였다. 

초대 해군총참모장으로는 해군 준장 손원일이 임명되었다. 이와 더불어 해안경비대총사령부는 해군총사령부로 개칭되었고, 다시 12월 15일 해군본부로 기구 개편 단행하였다.해군본부의 기구는 인사교육국·작전국·경리국·함정국·호군국과 병기·의무·헌병·법무·감찰 등 5개 감실로 개편되었다. 

종래의 해사대학은 해군대학으로, 다시 1949년 1월 해군사관학교로 개칭되었다. 이 학교는 5월 5일 법적지위를 획득하여 해군의 요람으로 거듭나게 되었다. 졸업생으로는6·25전쟁 직전인 2월 25일 54명(제3기)이 2년 6개월 만에 처음으로 임관되었다. 4기생부터는 3년제 6학기로 변경되었는데, 이는 미 해사 교과과정을 참고한 것이고 그 본격적인 시행은 5기생부터 적용되었다. 전쟁 당시 해사 사관생도들은 제7기생이 입교한 상태였는데, 제4, 제5, 제6기생들을 포함한 전 생도들은 해사전투사령부를 편성하여 학교방위에 임하기도 하였다.

 
같은 해 2월 14일 해군은 인천기지에 제1정대, 부산기지에 제2정대, 목포기지에 제3정대, 진해기지에 훈련정대를 두어 해상을 경비하는 임무를 수행하게 되었다. 6월에는 인천에 해군병원이 설치되었다. 이 무렵 진해특설기지를 진해통제부로, 기지를 경비부로 개편하였다.

당시 해군의 주요부대를 편성하는 법적 근거는 1949년 5월 5일 공포된 「해군사관학교령」(대통령령 제87호)을 비롯하여,「해병대령」(대통령령 제88호), 5월 7일 「해군기지설치령」(대통령령 제100호), 그리고 6월 25일 「통제부직제령」(대통령령 제135호)과 「경비부직제령」(대통령령 제136호) 및 1950년 3월 2일 「해군기지법」(법률 제102호) 등 일련의 해군 관련 법규였다.

이러한 해군에 관한 중요한 법령에 근거하여 해군의 요람지였던 진해특설기지에는 통제부가 설치되어 사령관이 취임하였다. 해안경비대 이후 해군기지로 사용되던 군산.목포.포항.묵호 등 각 기지에 설치된 경비부 또한 사령관이 임명되어 부대를 지휘하게 되었다.

양영조 외,《한국전쟁》(상) 국방군사연구소, 1995.
국방군사연구소,《국방정책변천사(1945〜1994)》, 1995.
국방군사연구소,《건군50년사》, 1998.
백기인,《건군사》국방부 군사편찬연구소, 2002.