미군정은 광복 이후「군정법령」 21호를 발동하여 일제 식민지 시대의「관세법」,「관세정률법」, 보세창고업을 그대로 시행하였으나, 물자부족과 산업활동 마비라는 당시의 경제상황을 고려하여 법령의 일부를 개정하였다. 즉 미군정은 1946년 10월「관세정률법」중에서 수입관세율을 전면적으로 인하하여 수입품 확대를 도모하였고, 1948년 4월에는 물가부족을 해소하고 수입을 확대하고자 모든 수입품에 대하여 종가 10%의 균일관세제도를 채택하였고, 1948년 7월에는「관세법」과「보세창고법」을 개정하여 장치기간과 화물의 처분에 관한 규정을 개정하였다.
우리나라 정부가 수립된 이후 모든 제도와 법령을 정비하는 과정에 일제 식민지시대에 제정된 다원화된 관세관련법을 정리하여 단일법체계를 수립하기 노력한 결과, 1949년 11월 23일 법률 제67호「관세법」이 제정되었다. 이 당시에 관세율은 상품의 긴요도에 따라 긴요품, 유용품, 사치품으로 나누고 이를 가공정도에 따라 미제품, 반제품, 완제품으로 구분하여 부과하였다. 긴요품이자 반제품은 10%, 사치품 완제품은 100%로 책정되었다.
1950년대 관세정책과 관세제도는 전비조달, 전쟁복구, 경제부흥 등 당시의 정책목표의 변화에 따라 변화를 보였다. 우리나라 정부는 1950년 12월 전비조달을 위한 관세수입 확대를 위해 관세임시증징법을 제정 공포하였는데, 이 법은 무관세품목이 되어 있던 품목 중 식량과 서적을 제외한 140개 품목에 대해서 종가 10%의 관세를 전쟁 종료시까지 적용한다는 것을 주요내용으로 하고 있다. 우리나라 정부는 ECA 원조물자에 과세하기로 하여 총관세수입의 1/2이 되는 원조물자 과세를 1950년 10월 국무회의의 의결로 실현시켰다. 정부는 휴전이 성립하자 국내산업을 보호를 위해 관세율을 개정하는 동시에 임시증징세법의 내용을 포함하여 관세율을 단순화하기 위해 새로운 세율표를 작성하여 1957년 1월부터 시행하였다. 그리고 우리나라 정부는 당시의 관세정책의 중요한 부분인 밀수방지를 강화하기 위해 여러 차례 관세법을 개정하였다.
1960년대의 관세정책은 개방을 지향하면서 재정적 측면보다는 산업정책적 및 무역정책적 측면을 중시하여 이루어졌다. 우리나라는 1967년 4월 4일로「관세와 무역에 관한 일반협정(GATT)의 의정서」에 서명함으로써 회원국이 되었고, 케네디·라운드(Kennedy round)에 참여하여 각 회원국으로부터 6만 5천여개 품목에 대해서 GATT의 양허세율을 적용받게 되었다. 정부는 1964년 단일변동환율제가 도입되고 외환정책의 자유화가 진전됨에 따라 관세정책도 이에 맞추고자 특정물품수입품 이외에는 일반관세 이외에 임시관세를 부과하여 수입수요를 억제하고, 긴요물품에 대해서는 특별관세를 부과하지 않음으로써 물가수급의 원활화를 도모하고자 법률 1644호「임시특별관세법」을 1964년 6월 12일자로 제정하였다. 정부는 1966년 이후 외환자유화 추세에 맞추어 무역정책면에서 수입금지 품목만을 열거하는 원칙자유 예외규제제도(negative system)을 채택하고 외환정책을 신속하고 적절하게 보완해 주기 위해 탄력관세제도를 1967년 11월 29일「관세법」개정시에 처음 도입하였다.
1970년대에는 관세제도가 정비되고 관세정책이 어느 정도 성숙단계에 접어들어 가고 있었다. 무역확대에 따라 세관업무가 급증함에 따라 관세행정을 전담할 기구로 1970년 8월 관세청이 설립되었다. 관세청은 관세의 부과징수, 밀수단속, 일선세관의 총괄 등 관세행정 업무를 전담하게 되었다. 그리고 1972년 말부터 1973년 3월까지 관세관련법의 정비가 있었다. 정부는 1973년 석유위기가 발생하자 이에 대처하기 위해 1974년 1월 처음으로 탄력관세를 발동시키고, 1975년 7월에도 관세환급제, 사전면허제와 함께 탄력관세를 발동시켰다.
1980년대 접어들어 관세정책의 큰 개편이 있었다. 당시까지는 제품의 가공도에 따라 다른 관세율을 적용하는 차등관세제도에서 벗어나 균등관세제도를 수용하고 평균관세율 대폭적으로 인하하였다. 평균관세율은 1970년대에는 30% 수준이었으나 1980년대에는 21% 수준으로 낮아졌다. 1983년 이전까지는 산업별 관세감면제도를 운용하여 산업정책상 필요한 14개 산업의 시설재에 대하여 관세를 차등감면하였으나, 1984년부터 1988년까지 연차적으로 폐지하면서 기능별 감면제도로 전환하기 위하여 과학계측 및 조정기기 관세감면, 산업기술의 연구개발용 감세감면 등을 도입하였고, 1989년 이후는 연구개발물품에 대한 관세감면제도도 도입하였다.
1990년대에는 세계무역기구가 GATT에서 WTO로 이행하던 시기이다. 이 시기에 공산물은 물론 농산물에 대한 수입규제가 관세화되고 지적재산권 보호가 강화되고 서비스시장이 개방되는 등 큰 변화가 있었다. 1991년부터 관세율 인상으로 인한 불필요한 마찰을 없애기 위해 관세율인하 5개년 예시제를 시행하였다. 이 시기에 덤핑방지관세, 상계관세, 긴급관세의 경우는 국제협력관세와 편익관세에 우선하여 적용하여 관세의 국내산업보호기능을 강화하였다. 관세지원제도는 산업구조의 조정, 기술연구개발의 촉진, 수출경쟁력 제고 등을 위하여 관세지원제도를 제조업의 국제경쟁력 강화에 중점을 두고 운영하였다. 1996년 7월부터 통관절차로 인한 부담을 줄이기 위해, 예를 들어, 수출입면허제를 수출입신고제로 전환하는 등 수출입통관제도의 개편을 도모하였다. 농산물분야에서도 예외없는 관세화라는 기본원칙이 받아져 비관세장벽이 사라지게 되었으나, 우리나라는 농산물에서 개도국 지위를 얻어 10년간 유예를 받았으나, 쌀 개방을 막지는 못했다.
