1960년대 들어 정부에서는 전국적인 규모와 내실을 가지고 활동하는 문화원들에 대하여 그 존재가치를 인정하기 시작하였다. 다음해인 1961년 정부적 차원에서 문화원을 공인, 육성하는 방침을 채택하게 되었다. 문화공보부의 정책적 지원을 받아 1961년 1월 23일 각 지역 단위 문화원이 회원이 되어 <사단법인 한국문화원연합회>를 설립, 공익 단체가 되었다.

5.16군사혁명 정부는 민족 기풍진작, 민족예술의 보호육성이라는 명분으로 전국에 산재해있던 각양각색의 문화단체들을 끌어 모아 혁명정부의 정책수행에 활용하였는데 이러한 취지에 따라 「지방문화사업 조성법」을 제정, 1965년 7월부터 시행하게 되었다. 이 법 시행으로 문화원도 제도적으로 보호받기에 이르렀다. 

그 후 1965년 「지방문화사업 조성법 시행령」으로 제도적 보호를 받게 된 동시에 지방문화원들이 법인으로 등록하면서 정부의 문화 사업을 위탁 수행하기 시작하여, 1970년대에 들어와 향토 고유문화 계발을 위주로 하고 향토 고유문화 창달을 문화원의 사명으로 하여 새로운 방향을 정립하게 되었다. 80년대 들어와 문화원 활동이 향토문화의 전승과 보존 및 창달을 위한 구체적이고 체계적인 사업을 전개하기 시작하여 오늘에 이르고 있다.

1965년에 제정된 「지방문화사업 조성법 및 동 시행령」에 의해 문화원이 설립 운영되고, 정부로부터 재정적 지원을 받아 활동해오다 시대의 변화 및 문화환경의 변화로 문화원의 역할과 기능이 사회단체로서의 성격을 벗어나 그 위상이 높아졌다. 이에 따라 문화원만을 지원하고 규정하는 법의 필요성이 대두되어 1994년 1월 7일 「지방문화원진흥법」이 제정 공포되었다.

이에 따라 그 동안의 사단법인 형태의 문화원에서 공익법인 형태의 문화원으로 격상됨과 동시에 독립된 문화원법을 갖게 되었는데, 이 법에 따라 1994년 7월 7일 그 동안 「지방문화사업 조성법 및 동 시행령」에 의해 설립·운영되던 사단법인 남원문화원이 자동으로 해산되었다. 그리고 「지방문화원진흥법」에 의해 종전 사단법인 문화원의 권리와 의무를 승계한 공익법인 문화원이 창립되었고 정관이 개정되었다.

지방문화원은 지방문화진흥을 위한 지역문화사업을 수행할 목적으로 「지방문화원진흥법」에 의하여 설립된 법인을 말하며 지역고유문화의 계발,보급,보존,전승 및 선양, 향토사의 조사연구 및 사료의 수집·보존·지역문화행사의 개최, 문화에 관한 자료의 수집·보존 및 보급, 지역전통문화의 국내·외 교류, 지역문화에 관한 사회교육활동, 지역환경보존 등 지역사회발전을 위한 문화활동, 기타 지역문화발전에 기여할 수 있는 사업을 수행한다. 

지방문화원은 시·군 또는 자치구의 행정구역을 구 사업구역으로 하며, 지방자치단체는 지방문화원을 지원, 육성해야하고, 이를 위하여 필요한 사항을 조례로 정할 수 있음을 명시하고 있다. 

또한 지방문화원은 지방문화원의 균형발전과 지방문화간의 상호협조 및 공동이익 증진을 위하여 문화체육관광부장관의 인가를 받아 전국문화원연합회를 설립할 수 있으며 연합회는 지방문화원의 균형발전을 위한 조사 연구 및 지원, 문화원 자료제공, 교류, 지방문화원 종사자의 자질향상을 위한 연수 등의 사업을 수행한다.

「지방문화원진흥법」법률 제6792호