우리나라의 국립공원은 1968년부터 1987년 7월까지 20년간 지방자치단체에서 관리해 왔으나, 공원관리를 시·도 또는 시·군·구에 일임함으로써 전반적으로 관리가 부실하였다. 17개 공원을 42개 기관이 분할관리하거나 하부기관에 위임관리시킴으로써 관리체제가 다원화되어 관리기능이 크게 미약하였다. 이에 일관성 있고 효율적인 정책집행과정 및 관리프로세스를 확립하고자 1986년 국가직접관리방침을 정하고 전문관리기관으로 1987년 국립공원관리공단을 설립하였다.

1986년 12월 31일 정부는 「자연공원법」을 개정하여 국립공원관리공단 설립을 위한 근거를 마련하였다. 국립공원관리공단 설립을 위한 구체적인 계획을 추진하고자 이듬해인 1987년 7월 1일 건설부 산하에 국립공원관리공단을 발족하였다. 그러나 정부부서의 직무이관 등에 따라 1991년 4월 23일 국립공원관리공단을 내무부로 이관되었으나 1995년 2월 <국립공원 자연생태 보전종합계획>이 수립됨에 따라 보다 효율적으로 관리하기 위하여 1998년에는 환경부로 이관되었다. 2001년 12월 31일 4개 공원 즉 지리산, 한려해상, 설악산, 북한산을 <국립공원관리계획>의 시범사업으로 수립하였다. 이해 방재책임기관을 지정하여 국립공원의 재해에 예방하도록 하고 그 외의 「재난 및 안전관리기본법」 제정에 따른 재난관리 책임기관을 2004년 지정하였다. 그 외에 18개 공원 25개 사무소를 지역주민, 환경단체 등으로 구성된 공원관리협의회를 구성하여 운영하였다. 그리고 2005년 12월 6일국립공원제도 도입 38년 만에 처음으로 설악산국립공원 IUCN(세계자연보전연맹)으로 카테고리를 변경하여 등록(Ⅴ→Ⅱ)하였다.

국립공원관리공단은 「자연공원법」 제44조 및 제80조의 규정에 따라 국립공원관리청인 환경부장관의 권한을 위탁받아 국립공원의 보호 및 보전과 공원시설의 설치·유지·관리를 효율적으로 수행함으로써 국민의 보건 및 여가와 정서 생활의 향상에 기여함을 목적으로 설립되었다.