고충민원처리를 위한 일환으로 1993년 12월 「행정규제 및 민원사무기본법」이 행정의 공정성, 투명성, 합리성을 제고하기 위하여 필요한 기본적인 사항들을 체계화시킨 단일의 법률체계로 제정되었다. 이후「민원사무처리에 관한 법률」과「행정규제기본법」(법률 제5369 1997.8.22)이 제정되었다.
이와함께 행정기관의 잘못이나 제도, 정책 등으로 인하여 침해된 국민의 권리와 불편, 불만사항을 제3자적 입장에서 쉽고 빠르게 구제, 처리하기 위해 국민고충처리위원회(현 국민권익위원회)가 설치되었다.

고충민원처리를 위해서 제정되고 개정된 「민원사무처리에 관한 법률」(법률 제7855호)로 민원사전심사 청구제 및 이의신청제도 등이 도입되었다. 또한 다수 부처 관련 민원의 처리과정에서 나타난 제도개선 사항을 심의, 조정하기 위하여 국무총리 소속으로 민원제도개선 조정회의를 신설하는 등 민원 관련 제도개선의 추진체계를 정비하며 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선, 보완하였다. 이 밖에도 복합민원 등의 효율적 처리를 위한 실무종합심의회 및 민원조정위원회를 설치, 운영하였고 민원인 및 민원사무에 대한 정보보호를 강화하였다. 

이와 함께 1994년 4월 국무총리 소속으로 설치된 국민고충처리위원회를 대통령 소속으로 전환하고, 민원사항에 관한 안내 및 상담과 고충민원에 관한 조사, 처리를 담당하며 고충민원에 관한 조사의 결과 위법, 부당한 처분 등에 대한 시정조치의 권고와 고충민원의 처리과정에서 관련행정제도 및 운영의 개선이 필요하다고 판단되는 경우 이에 대한 권고 또는 의견을 표명할 수 있다. 

국민고충처리위원회의 주요 기능을 보면, 우선 행정기관으로부터 위법 부당하게 당한 억울한 일들을 국민의 입장에서 해결한다. 주택, 건축, 도시계획, 재정, 세무, 산업자원, 도로, 교통, 보건복지, 국방, 보훈, 노동, 임금, 형사, 법무, 산림, 해양, 문화, 교육, 환경, 토지, 자치행정, 정보통신 등 모든 행정과 관련하여 국민의 권리와 이익이 침해된 경우 대상이 된다.

 조사 결과 행정기관의 처분 등이 위법 부당하거나 잘못되었다고 판단될 때, 고충처리위원회는 해당기관에 대한 시정조치를 권고하거나 처리과정에서 관련 행정제도 및 운영 개선이 필요하다고 판단되는 경우 해당기관에 이의 개선을 권고하거나 의견표명을 함으로써 민원의 재발방지를 위한 사전 예방적 기능을 수행한다.

국민고충처리위원회는 국민이 제기한 민원에 대해 비용없이 신속 공정하게 처리하는 것을 원칙으로 하고 있다. 전문조사관들이 친절하게 조사하며, 절차나 형식에 얽매이지 않기 때문에 쉽고 빠르게 처리된다. 전문조사관들은 변호사, 법무사, 노무사, 감정평가사 등의 전문가와 풍부한 행정경험을 가진 사람들로 구성된다.

국민고충처리위원회는 민원인에게 충분히 자기 주장을 소명할 수 있는 기회를 부여하고, 이를 바탕으로 비상임위원이 다수를 이루는 위원회가 독립적, 중립적 입장에서 신중하고 적절한 결정을 내림으로써, 민원인의 주장이 인용되지 아니 하더라도 민원인이 위원회의 결정을 신뢰하고 받아들이게 됨에 따라 민원인이 다른 행정기관에 동일 민원을 반복적으로 제출하는 행정력 낭비현상을 방지하는 등 고질적인 반복 민원 등에 대한 종결 기능을 수행한다.