1. 추진체계
공정하고 객관적인 평가결과를 도출하기 위해 외부 전문평가기관(국무총리실 산하의 ｢한국행정연구원｣)에 의뢰하여 추진하였으며, 위원회와 용역기관간 업무의 연계성을 최대화 할 수 있도록 노력하였다.
위원회에서는 평가기본계획 수립과 이를 피평가기관에 설명하고 의견을 수렴하는 역할 및 관련 자료의 수집을 담당하였으며, 외부평가전문기관(한국행정연구원)에서는 18명의 평가위원을 엄선하여 별도로 위촉하고 서면평가 및 현장평가를 통한 결과를 분석 검토하는 기능을 수행하였다. 아울러 각급 공공기관에서는 실제 부패방지시책을 현장에서 추진하는 한편, 소속기관 및 산하기관에 대한 시책추진 상황을 관리·취합하여 제출하는 임무를 수행하도록 하였다.

2. 평가과제
평가과제를 선정하는 것은 평가의 효과성을 판가름 할 수 있는 주요 변수가 된다. 이에 따라 시책평가의 효과성을 극대화하고 부패관련 업무의 유기적 추진을 통한 환류(feedback)시스템 구축을 달성하기 위해 평가대상과제를 공통과제와 자율과제로 구분하였다.
공통과제는 피평가기관이 공통으로 수행해야 할 당연과제로서 전 년도 평가결과 부진과제로 나타난 과제와 시기적으로 중점 추진해야 할 과제를 위원회에서 평가단과 협의하여 선정한다. 자율과제는 각 기관의 특성에 따라 선정되는 과제로서 위원회에서 2002년도에 제도개선을 권고한 과제와 각 년도 ‘청렴도측정’ 결과 나타난 기관별 취약분야에 대한 개선과제 그리고 각 기관이 자율적으로 발굴하여 추진하는 과제 등으로 나누어 진다.