유럽의 경제공동체 통합이 진전됨에 따라 EU 각국은 역내 내수시장의 형성에 역점을 두지 않을 수 없었다. 특히 수산제품은 위생문제에 높은 관심이 집중되는 상품이었기 때문에 EC 각국 간에 있어서 서로 상이한 위생조건을 설정해 둠으로써 역내 자유로운 교역에 큰 장애가 되었다. 원래 어획물은 신선한 상태로 어획되는 것이 일반적이나 어획 후 비위생적인 조작 또는 처리로 오염과 후속되는 부패가 쉽게 일어나게 된다. 따라서 모든 단계의 가공과 저장 및 수송 도중에 있는 선어 및 가공수산물의 올바른 위생적 처리를 일률적으로 규정해 놓는다면 다른 일반 상품과 같이 자유로운 교역에 별 다른 방해를 받지 않을 것이다. 이런 관점에서 유럽의회는 회원국 간의 기존 위생조건의 차이에 따라 자유로운 교역이 방해받지 않도록 다각도의 노력을 기울인 결과, 1989년 3월 EC 집행위원회에 어획물의 위생적 가공과 시장출하에 관한 종합적 지침을 마련하도록 요구하였다. 

이에 따라 EC 집행위원회는 1989년 12월 동물검역에 관련된 지침이 마련되었으며, 1990년에는 이 지침에 수산물을 적용하는 안을 마련하여 1991년 발효되기 시작하였다. 따라서 이 때부터 제3국에서 EC 역내로 반입되는 수산물에 대해서는 최소한 이 지침의 기준을 준수하도록 하고 있으며, 1992년에는 지침 이전부터 가동 중에 있던 가공공장에도 이 지침이 적용될 수 있도록 지침내용을 변경하였다.

EU로 수입되는 수산물은 EU가 인정하는 수출국의 소관 당국에 의한 공식적인 승인을 받아야 한다. 또한 수출국은 EU로 수출되는 수산물의 생산 전반을 감독할 수 있는 소관 당국을 운용해야 한다. 2004년 4월 EU는 새 식품 및 사료 감독 규정과 이른바 ‘위생 패키지(Hygiene package)'라는 새 위생규칙을 채택했다. 새 위생규칙은 17개의 서로 다른 지침들에 산재해 있는 복잡한 위생요건을 통합하고 단순화한 것이다. ‘위생 패키지’ 가운데 일반 위생규칙은 모든 식품의 생산에 적용되고, 이와는 별도로 어패류, 육류 등 동물성 식품에 대해서는 특별 위생규칙이 적용된다. 새 규정과 규칙은 2006년 1월부터 시행되어 EU의 수입 수산물도 적용을 받는다.

가. 수입 감독
EU 역외에서 수입되는 수산물은 승인된 국경검역소를 통과해야 한다. 개정된 EU 지침Directive 97/78/EC는 제3국에서 수입된 동물성 제품에 대한 수의학적 검사의 원칙을 규정하고 있다. 검역의 단계는 세 가지로 위생증명서를 확인하는 ‘서류검사’, 위생 증명서와 제품의 일치 여부를 확인하는 ‘일치검사’, 제품 자체를 조사하는 ‘제품검사’를 거친다. 만일 제품이 불합격 판정을 받으면 폐기되거나 60일 이내에 해당 수출국으로 반송된다.
2006년 1월부터 시행에 들어간 EU의 새 규정 Regulation 882/2004는 EU 지침 Directive 97/78/EC을 보완하고 있다. 이 규정은 Directive 97/78/EC에서 다루지 않은 식품 및 사료의 감독요건을 추가하여 소관 당국이 이를 수행하도록 하였다.

나. 위생증명
양식 수산물을 포함하여 식용의 동물성 제품의 생산, 가공, 유통, 수입을 관리하는 위생규칙은 EU 지침 Directive 2002/99/EC로 정해져 있다. 위생증명의 일반적인 원칙도 이 지침에 포함된다. 위생 증명서는 제품을 수입하는 EU 회원국의 공식언어와 해당 제품이 경유하는 과정에서 이를 검역하는 회원국의 공식언어로 작성되어야 한다. 그러나 해당 회원국이 동의한다면EU의 공식언어로 작성할 수도 있다. 중요한 점은 증명서가 수출되기 전 해당 제품이 수출국소관 당국의 감독 아래에 있는 동안 작성되어야 한다는 것이다. 만일 그렇지 못하면 해당 제품은 EU로 통관되지 않는다. ‘위생 패키지’는 EU 지침 Directive 2002/99/EC과 함께 2006년 1월부터 시행하고 있는 여러 규정을 포함한다. 그리고 ‘위생 패키지’와 새로운 수입 감독 규정의 시행에 필요한 수단을 명시한 규정도 같은 시기에 발효하였다.

다. 오염 및 잔류물질 규제
개정된 EU 규정 Regulation 466/2001은 수산물을 비롯한 식품의 오염원에 대해 최대 허용 기준을 설정하고 있다. 여기에는 납, 카드뮴, 수은과 같은 중금속도 포함된다. 양식 수산물을 포함하여 동물 및 동물성 식품의 약품ㆍ화학물질의 잔류량에 대한 감시도 EU 지침 Directive 96/23/EC에 명시되어 있다. EU로 수출하려면 수출국은 잔류물질감시계획(residue-monitoring plan)을 제출해야 한다.

라. 이력추적제도
개정된 EU 규정 Regulation EC/178/2002에 따라 2005년 1월부터 EU 식품의 생산ㆍ가공ㆍ유통의 전반에 걸쳐 이력추적제도(traceability)가 도입되었다. 이에 따라 EU의 모든 식품 사업자는 식품(또는 사료) 사업 활동에서 식품법의 요건을 갖출 의무와 관련 요건이 갖추어져 있는지를 확인할 의무가 있다. 그러나 EU 바깥의 제품과 사업자에게는 적용되지 않는다. 특정 부문에 대해 특별히 국가 간 합의가 있는 경우와 수의(獸醫) 부문 등과 같이 EU의 특별한 법률 요건이 있는 경우를 제외하고는 교역상대국의 수출업자가 EU 역내에 부과되어 있는 이력추적제도에 관한 요건을 갖출 의무는 없다. 이는 EU의 수입업자가 해당 제품의 제3국 출처를 증명하도록 하는 것으로 충분하다고 간주하기 때문이다. 이에 따라 일반적으로 EU의 수입업자는 제3국의 수출업자에게 이력추적제도의 요건을 충족할 것을 요구하고 있다.

김봉태, <유럽연합(EU)의 수산물 생산 및 교역 동향>, 2006