1956년 4월 6일, 정부의 중앙임업시험장에 수원육종지장 신설(농림부령 제42호)
1963년 10월 5일, 농촌진흥청 소속의 임목육종연구소 신설(각령 제1595호)
1966년 12월 31일, 산림청 소속으로 임목육종연구소 이관(대통령령 제2858호)
2007년국립산림과학원 산림유전자원부로 개편 존속되고 있음

제2차 세계대전 후 세계 각국은 목재부족에 직면하게 되어 이에 대한 대책을 모색하던 중 선발(選拔)에 의한 임목육종의 기술을 개발한 스웨덴의 실적이 소개되자 세계 각국은 서로가 이 새로운 기술을 도입하여 임목의 품종개량사업에 착수하게 되었다. 우리나라에서는 1953년 서울대학교 농과대학 고 현신규 교수가 정부의 특별보조금을 지원받아 구내에 임목육종연구실을 설립한 것이 시초이다. 

정부조직으로는 1956년 4월 중앙임업시험장에 수원육종지장이 처음으로 설립되었고, 1963년에는 농촌진흥청 소속의 임업육종연구소로 확대 개편되었다. 1967년에는 산림청이 발족됨에 따라서 산림청 산하의 임목육종연구소로 이관되었다. 임목육종연구소는 이후에도 정부의 직제 개편 등을 거쳐, 2007년 산림청 산하 국립산림과학원의 산림유전자원부로 개편되어 존속되고 있다.

임목육종연구소는 산림자원이 빈약하고 전국토의 64%가 산지인 우리나라의 산지자원화에 기여함을 목적으로 우량품종의 나무를 선발 육성하고 개량 보급하기 위한 연구 활동 등을 위해 설립된 기구이다.

임목육종연구소는 1956년 설립 당시 정규직원 3명으로 출발하였으나, 이후 발전을 거듭하여 1980년대에 들어서는 세계적인 규모의 유명한 연구소로 발전되었다. 2007년 국립산림과학원의 4개부서 중의 하나인 산림유전자원부로 존속되고 있으며, 부서 내에는 임목육종과, 유전자원과, 생물공학과, 특용수과의 4개과를 두고 있다. 

산림유전자원부에서는 산림생산성 향상을 위한 다양한 수종의 우량품종 육성과 개량종자의 생산, 단기소득의 수종육성, 임업의 산업화촉진을 위한 신물질 생산기술의 개발, 그리고 산림자원의 지속적 이용을 위한 유전자원의 보존연구 등을 중점 과제로 추진하고 있다. 

산림유전자원부 내 4개과의 업무를 보면, 임목육종과에서는 용재수의 개량 및 신품종의 육성, 외래수종의 도입육종, 내병충성 육종 등에 관한 연구를 하며, 채종원의 조성·관리업무를 총괄하고 있다. 유전자원과에서는 임목의 유전생리, 임목의 염색체 구조, 임목 유전자원의 보존·평가, 산림생태의 유전, 임목의 유전체 등에 관한 연구를 하고 있다. 생물공학과에서는 조직 및 세포의 배양, 생물반응기의 응용, 형질전환체의 생산 및 검정, 우량개체의 증식, 유전자의 탐색 및 조작 등에 관한 연구를 하고 있다. 특용수과에서는 특용수·유실수 및 밤나무의 육성, 조경수 및 무궁화에 관한 연구, 신품종의 심사·등록 등에 관한 업무를 수행하고 있다(국립산림과학원, 2007). 

주요 육종사업의 업적으로는 침엽수 및 포플러의 교배 육종을 비롯하여, 고산지 수종육성, 저항성 육종(잣나무털녹병, 솔잎혹파리), 외국수종의 도입육종, 우량개체의 선발육종, 밤나무 신품종의 육성, 무궁화 및 조경수 우량품종의 육성, 사방 및 연료수종의 육종, 임목유전형질의 조기검정, 임목의 조직배양 및 유전자원 연구, 생물공학적 연구(택솔 추출)등 다양하다. 

그 간 임목육종연구소의 연구사업 중에서도 역점을 두었던 것은 교배육종, 외국수종의 도입육종, 선발육종 등이었다. 특히 교배육종의 성과로는 리기테다소나무(리기다소나무×테다소나무), 은원사시(은백양×수원사시나무)의 육종을 으뜸으로 들 수 있다. 반면 외국수종의 도입육종은 1956～1987년까지 38개국으로부터 400여종의 외국수종을 도입하여 적응시험을 하였으나 큰 성과를 거두지 못하였다(산림청, 1997). 

이와 같이 임목육종연구소는 설립 이래, 반세기 동안의 변모 발전되어 오면서 우리나라의 산림 및 임업기술 발전에 많은 기여를 하였고, 앞으로도 유전자 조작기술로 새로운 기능이 부여된 신품종의 육성과 유전자 연관지도의 작성으로 분자생물학적 방법론과 전통육종을 연계한 연구 등 그 역할이 기대되고 있다.

국립산림과학원 홈페이지 산림유전자원부, 2007
산림청,《한국임정50년사》, 1997