나. 제2차 계획
농림수산식품부는 제1차 계획기간 동안 친환경 실천농가 및 실천면적, 친환경농산물 생산 모두 크게 늘어났으나 ① 농약과 화학비료 사용량 감축이 미흡하였고, ② 급변하는 농업 환경변화에 대응하는 친환경농업 정책 제시가 미약하였으며, ③ 세부과제별 구체적인 내용 제시와 연차별 수정·보완이 미흡하였다고 평가하고, ① 2013년까지 농약·화학비료 사용량 40% 절감, ② 2010년까지 친환경인증농산물 비율 10%로 확대, ③ 경종과 축산이 연계되는 자연순환형 친환경농업 체계 구축을 목표로 하는 새로운 친환경농업육성 5개년 계획(2006～2010)을 2006년 2월 발표하였다.

제2차 계획은 ① 친환경농업 실천기반 조성 확대, ② 현장에서 필요로 하는 친환경농업 기술개발 보급, ③ 경종과 축산 연계 자연순환형 친환경농업 확산, ④ 친환경농업 육성 지원과 실천농가 소득 보전, ⑤ 친환경농산물 소비자 신뢰제고와 유통활성화, ⑥ 농촌 환경오염 경감과 국제협력 강화, ⑦ 친환경임업 육성을 7대 핵심과제로 제시하였는데, 계획의 주요 내용은 다음과 같다.

㉠ 친환경농업 실천기반 조성과 농가지원

○ 2013년까지 친환경지구 1,500개소(2010년까지 1,100개), 광역친환경단지 50개소(2010년까지 23개) 조성
○ 2013년까지 시설원예 면적의 50%(5만ha)로 천적해충방제 확대(2010년 1만ha)
○ 친환경직불제 단가를 연차적으로 인상하여 친환경실천농가 소득안정
㉡ 경종과 축산을 연계한 자연순환형 친환경농업 확산
○ 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 제정 시행(2007년)
○ 가축분뇨 자원화 확대, '10년까지 유기질비료 지원 연간 230만톤으로 확대
㉢ 친환경농산물 소비자 신뢰제고와 유통활성화
○ 친환경농산물 전용물류센터 건립, 친환경농산물 자조금 조성
○ 친환경농산물 우수성 홍보, 친환경농산물 안전성 조사 강화
○ 2010년까지 GAP 농산물, 이력추적농산물 유통비율을 5%로 확대

④친환경인증제도 개편
○ 친환경인증제도를 단계별로 간소화하고, 무항생제축산물인증 신설

⑤ 친환경농자재 검증 관리제도 도입
○ 유통 중인 친환경농자재에 대한 사용 가이드라인 공시(2006년)
○ 품질규격 설정이 가능한 자재부터 단계적 검증 추진

「환경농업육성법」은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행된다는 규정에 따라 1998년 12월에 시행되었는데 「환경농업육성법」에 규정된 환경농업육성계획은 바로 수립되지 않고 2001년 1월 처음으로 친환경농업육성 5개년계획이 수립되었다(이하 제1차 계획). 그리고 제1차 계획이 2005년에 종료됨에 따라 2006년 새로운 친환경농업육성 5개년계획(이하 제2차 계획)이 수립되었다.