우리나라는 상수원의 90% 이상을 지표수에 의존하기 때문에 수인성 병원균에 노출될 가능성이 높아 미생물에 의한 수돗물의 오염가능성은 항상 존재한다고 볼 수 있다. 실제로 1989년부터 이어진 수차례의 수돗물오염파동은 그 결과 정부의 수돗물이 안전하다는 말에도 불구하고 수돗물의 안전성에 대해 국민들이 끝없는 의혹을 갖게 하여, 수돗물을 기피하고 정수기, 생수기기 산업의 발달 계기가 되었다. 

수돗물 오염파동은 1989년 중금속 오염파동부터 시작하여, 1990년 수돗물에서 트리할로메탄이 검출된 사건, 1991년 낙동강 폐놀 유출 사건, 1993년 서울시내 수돗물에서 기준치 이상의 세균이 검출된 사건, 1994년 낙동강 벤젠/톨루엔 검출사건 등 1980년대 말에서 1990년대 중반까지 집중적으로 발생하였다.

1. 중금속 오염파동(1989)
1차 파동은 국토해양부가 자체적으로 전국 상수도 수질을 표본조사한 결과 중금속과 세균 등이 기준치 이상 검출되어 식수로 부적합하다고 판정되고 이것이 1989년 8월 8일 경향신문의 특정보도로 표면화되면서 나타난 사건이다. 이 사건으로 인해 그동안 국민들이 가졌던 수돗물에 대한 불신이 봇물 터지듯 일어났으며, 이 사건이후 이어진 수차례의 수돗물 오염파동은 이러한 국민들의 불신을 확고하게 만들었다.

2. 트리할로메탄 검출파동(1990)
2차 파동은 감사원이 국회에 보고한 전국 7개 정수장에 대한 감사내용이 1990년 7월 1일 각 일간지에 보도되면서 시작되었다. 발암물질인 트리할로메탄(THM)이 최고 기준치의 5배가 검출됐다는 감사내용 보도에 대하여 서울시와 보사부는 기준치 이하라고 반박하였으나 이 보도로 인해 국민들의 수돗물 불신은 더욱 커지게 되었다.

3. 페놀 오염파동(1991)
낙동강 페놀오염 사건은 두산전자 구미공장의 페놀 원액 30톤이 낙동강으로 유출되고 그 페놀 원액이 정수장의 염소 소독과정에서 클로로페놀로 변하면서 대구시에 공급되는 수돗물에서 악취가 발생하면서 일어난 사건이다. 이 사건 발생 직후 대구시 시민단체, 서울 중심의 시민단체는 시민단체 대책협의회를 결성하여 두산제품 불매운동, 두산그룹 규탄대회 등 본격적인 항의활동에 들어갔다. 이 사건으로 결국 환경처 장관과 차관이 경질되었으며 환경분쟁조정위원회가 분쟁조정안에 따라 페놀오염으로 입은 피해에 대해 보상금을 지급함으로써 낙동강 페놀 오염사건은 1991년 12월 일단락되었다.

4. 세균 오염시비(1993)
1993년 6월, 서울시내 수돗물에서 기준치 이상의 세균이 검출되었다는 학계의 논문발표에 환경처와 서울시가 검사방법 등에 대해 이의를 제기함으로 다시 한번 수돗물의 안전성에 대한 논쟁이 발생했다. 이 논문을 발표한 서울대 미생물생태학 연구실 김상종 교수는 1991년 9월부터 1년 동안 23차례에 걸쳐 서울시내 수돗물 취수원의 70%인 잠실수중보 상류, 구의정수장, 가정 수도꼭지 등 5곳에 대하여 서울시 검사방식과는 다른 빈영양 배지방식으로 수질검사를 하였으며 환경처와 서울시는 빈영양 배지방식이 아직 공인되지 않은 것이라고 반박함으로써 수돗물 오염논쟁이 심화되었으며 수돗물에 대한 국민들의 불신 역시 가중되었다.

5. 낙동강 벤젠/톨루엔 검출사건파동(1994)
1991년 낙동강 페놀사건에 이어 1994년 1월 4일 또 한차례의 낙동강 오염사태가 일어났다. 악취소동으로 시작된 낙동강 식수오염 사건은 1월 13일 환경처장관의 대국민발표를 통해 인체에 치명적일 수 있는 유해화학물질인 톨루엔, 벤젠이 원인물질이라는 사실이 알려지게 되었다.
이렇게 수돗물오염파동이 계속되자 국민과 환경단체는 근본적인 물문제 해결을 요구하게 되었으며, 지금까지 물문제 해결을 어렵게 만들었던 물관리 업무를 환경처로 일원화해야 된다는 주장이 강하게 제기되었다. 이에 정부는 국무총리 담화를 통해 수질관리 개선대책을 발표하고 4대강 유역의 지방 환경청을 4대강 환경관리청으로 개편하였으나 기존에 이원화되어있던 국토해양부의 수량관리업무와 환경부의 수질관리 업무를 일원화시키는 데는 실패하였다.

한국환경정책·평가연구원 자료,《한국 환경 50년사》, 1996