FTA와 관련된 양국 간 첫 논의는 1998년 이후 한·일 양국이 민간 연구기관 간 공동연구와 경제계 간 비즈니스포럼, 산관학 공동연구회 등에서 이뤄졌다. 이어 2003년 10월 태국 방콕에서 노무현 대통령과 고이즈미 준이치로 일본 총리가 2005년 체결을 목표로 정부 간 교섭을 개시하면서 본격적인 논의가 시작됐다. 그 해 12월 양국은 FTA체결을 위한 정부 간 첫 협상을 열어 민감한 분야도 협상에서 배제하지 않는다는 ‘포괄적 FTA’ 원칙에 합의하고, 협상분야를 ▲상품무역 ▲비관세조치 ▲서비스 무역 및 투자 ▲기타 무역이슈 등 6개로 구분했다. 이후 2004년 11월까지 모두 6차례 양국을 오가며 협상을 벌여왔다.

한일 FTA는 상품과 투자, 서비스 등 광범위한 분야에서의 자유화를 추구한다. 또한 상호인증인정(MRA), 정부조달, 지적재산권, 경쟁정책 조화 등 WTO보다 진일보한 조화와 협력을 꾀하고, 투자촉진, ITㆍ과학기술협력, 중소기업 협력 등 제반 경제협력의 제도화까지 망라하는 매우 포괄적인 「지역무역협정」이다. 이렇듯 폭넓고 심도 깊은 경제통합을 지향하는 한일 FTA 논의는 상당부분에서 진척을 보았다. 양국이 한일경제 공동권을 향해 착실히 나아가고 있다고 확신하기 어려운 게 사실이다.

한국은 경제체질 강화는 물론 대외여건 변화에 대응하기 위한 세계화 전략 차원에서도 일본과의 FTA 체결은 반드시 필요하다는 입장이다. 무엇보다 1억 7000만여 명의 인구와 세계 국민총생산(GNP)의 17%를 차지하는 거대시장을 안정적으로 확보할 수 있는 데다 이 경우 외국인 투자유치에도 긍정적으로 작용할 것으로 보기 때문이다. 양국 정부는 현재 추진 중인 FTA를 양국 경제의 미래를 좌우할 중요한 요소로 인식하고 있다. 여기에는 세계경제의 블록화 추세 속에서 한일 양국이 동아시아 경제공동체의 중심축을 형성하고, 아울러 급부상하는 중국에 대응하기 위한 ‘전략적’ 의미도 포함됐다. 1차 협상에서 협상 추진체제 및 협상일정에 합의한 이후 2차 협상에서는 협상분야별 양측의 기본 입장을 교환했다. 이후 5차 협상까지 농업을 포함한 상품 및 서비스의 자유화 등 높은 수준의FTA 목표를 재확인했다. 양국 간에 폭넓고 심도 있는 경제통합을 지향하는 FTA 논의가 이미 루비콘 강을 건넌 셈이다. 하지만 양국은 농산물 부문 양허수준을 놓고 여전히 치열한 신경전을 벌이고 있다. 우리 측이 농수산물도 공산품에 준하는 수준의 개방을 요구하는 반면 일본은 공산품 위주의 FTA 추진을 염두에 두면서 협상이 답보상태에 머물고 있다. 한국 측은 일본이 양측 간에 합의한 ‘포괄적 FTA’를 무시하고 있다며 일본을 압박하고 있다. 그러나 여전히 한일FTA는 큰 장애에 부딪쳐 표류하고 있다. 그 이유는 다음의 세 가지에서 찾을 수 있다. 즉, 1) 한일 간의 뿌리 깊은 상호불신의 미 청산 2)한일 FTA가 추구하는 지향점에 대한 인식공유의 미흡 3) 한일 FTA 체결을 위한 각각의 내부 여건의 미조성이다. 2006년부터는 한국정부가 한일에 앞서 한미 FTA를 선행적으로 체결한다는 입장을 정리함에 따라 한일 FTA 교섭은 전혀 진척을 보지 못하고 있는 상황이 지속되고 있다.

하영선 편《한국과 일본: 새로운 만남을 위한 역사인식》나남출판, 1997
이숙종 편《전환기의 한일관계》세종연구소, 2002
김영작, 이원덕 편《한국에게 일본은 무엇인가?》한울, 2006