1998년 11월 국무총리 주재 대외경제조정위원회는 FTA를 통상정책의 주요수단으로 적극 활용하기로 공식 의결하고 산·관·학 공동연구회를 운영하여 세계 각국과의FTA 추진의 타당성을 검토하기로 하였다. 그 결과 칠레가 우선 협상대상국으로 선정되었다. 1999년 9월 뉴질랜드에서 개최된 〈APEC 정상회의〉에서 만난 한국과 칠레의 정상들은 FTA공식협상 개시에 합의하였고, 한국정부는 이 협상을 위하여 FTA추진위원회 산하에 5개 작업반 및 13개 세부 분과를 두고 분야별로 협상을 준비하였으며, 동 작업에는 15개 부처 및 10개 연구소, 업종별 협회, 단체의 분야별 담당자들이 참여하였다. 또한 협상준비 작업을 지원하고 협상 진행결과 등의 관련 정보를 제공하기 위하여 대외경제정책연구원(KIEP)에 FTA 자료센터를 설치하였다.

2차세계대전 이후 세계는 GATT에서 관세인하로 자유무역 실현을 위해 노력해왔고 1995년에는 자유무역에 대한 더욱 강화된 의지의 표현으로 WTO를 설립하였다. 그러나 1980년대 말과 1990년대 초반의 유럽연합(EU)의 심화·확대와 「북미자유무역협정」(NAFTA)의 출범은 전세계적으로 지역주의를 촉발하여 다수의 국가들이 전략적으로 「양자간 자유무역협정」(FTA)을 체결하였다. 현재 세계에는 자유무역을 위한 다자협상 (WTO 도하개발아젠다)과 「양자자유무역협정」이 병존하고 있는 것이다. 이러한 지역주의 흐름은 동아시아 지역에까지 확대되어 ASEAN국가들이 「자유무역협정」(AFTA)을 출범시켰고 전통적으로 지역협정과 거리를 두어온 일본과 중국까지도 아시아권 내외의 국가들과 「자유무역협정」 체결에 관심을 보이기 시작하였다.

1999년 12월에 1차 협상을 시작하여 2002년 10월까지 총 6차례의 공식협상 및 6차례의 별도협의를 가졌는데 협상은 2001년도까지 큰 진전을 보지 못하였다. 2월에 양측이 제5차 협상에 대비한 양허안을 교환하고 3월에는 양허안에 대한 실무협의를 개최하였으나, 5월에 들어 칠레측은 한국의 양허안 중 일부 농산물 개방에 대한 불만으로 차기협상을 WTO 농업협상 종료 이후 또는 그 이전이라도 적절한 여건이 마련될 때까지 연기할 것을 제의해 왔다. 이러한 교착상태를 타개하기 위해 통상교섭본부장과 칠레 외무장관은 동년 6월 칠레 산티아고와 10월 상하이에서 각각 만나 조속히 고위급 협의를 열어 양허안 타결방안을 모색하기로 합의하였으며,

그 결과 2002년 2월에는 양허안 협상 재개를 위한 고위급 협의가 로스엔젤레스에서 개최되었다. 고위급 협의에서의 진전에 따라 동년 8월에 제5차 협상이 산티아고에서 개최되었고, 9월 및 10월 상품양허안에 대한 별도 협의를 거쳐 10월 제네바에서 개최된 제6차 및 후속 협상에서 타결되었다. 2004년 4월 1일부터 정식으로 발효한 한-칠레 FTA는 양국 제품에 대한 관세 단계적 철폐, 비관세장벽 철폐, 「WTO 농업협정」 관련 규정을 준용한 농산물 개방 (한국측 377개 민감 농산물에 대한 예외적 조치 포함), 칠레 정부 조달에 한국 기업 참여,지적 재산권 보호 강화, 투자 및 서비스 분야의 내국민 대우, 반덤핑관세 상호면제(나중에 WTO 규정 준용으로 변경됨), 통관, 통신서비스, 경쟁정책, 분쟁해결절차 등을 포함한다.

협상이 이루어지는 동안 국내에서는 칠레와의 FTA가우리에게 많은 이익을 가져다줄 것이라는 인식과 한국산 제품의 수출증가는 미미하며 농산물 수입급증에 따른 농업부문의 피해가 클 것이라는 우려가 맞섰다. 한국 칠레 발효 후 4∼8개월 동안의 한-칠레 무역 현황을 살펴보면 전년 동기 대비 수출과 수입 모두 늘어났으나 수입이 수출보다 커서 5.1억 달러의 무역수지 적자를 기록하였다. 그러나 이러한 한국의 대칠레 무역수지 악화는 대부분 국제 원자재가격의 급격한 상승에 따른 것이며 칠레산 제품의 관세인하와 뚜렷한 연관성을 아직 보이지 않고 있다. 한-칠레 FTA가 부정적인 영향을 많이 미칠 것으로 예상되었던 농축산물의 경우, 양국은 FTA의 충격을 최소화하기 위해 〈관세철폐계획〉에서 국내에 미치는 영향이 미미한 품목을 우선적으로 개방하고 상대적으로 민감한 품목은 단계적으로 철폐하기로 하였기 때문에 현재로서는 그 영향을 평가하기 어렵고 앞으로 농축산물이 추가적으로 개방될 때에만 그 영향을 정확히 평가할 수 있다.

한-칠레 FTA는 경제적인 측면에서 한국이 중남미 시장에 깊숙이 진출할 수 있는 교두보를 마련해주었다는 의의를 가진다. 또한 농업과 제조업 분야의 개방이 균형이 잡힌 상호호혜적인 FTA이다. 그러나 칠레와의 FTA는 한국이 최초로 주도적으로 체결한 FTA이고 주요 지역별 거점국가와 추가적인 FTA를 추진하는 벤치마크가 되었다는 상징적 의미가 더 크다. 무역자유화에 대한 한국정부의 의지를 대외적으로 공표하여 한국의 국제적 신인도를 높였고 ASEAN, EFTA, 싱가포르, 일본, 중국, 캐나다 등의 한국과의 FTA추진에 대한 관심을 고조시키는 계기가 되었다고 할 수 있다.

외교통상부,《외교백서》, 2002
외교통상부/대외경제정책연구원,《한칠레 FTA의 주요내용》, 2003
강준구·박지현,〈한국·칠레 FTA 발효 이후 對칠레 교역동향 분석〉《정책자료 04-06》대외경제정책연구원, 2004
정인교,〈한-칠레 FTA의 경제적 효과 및 의의〉《KIEP 계간 대외경제정책연구》, 1999