1차 개정을 통해 한국은 1차적 재판권 관할 범위 확대, 불필요한 시설 및 구역의 반환, 주한미군 기지 내에 근무하는 한국인 노무자 노동조건의 국내노동법에의 일치 등 일부 불합리한 요소들을 시정하였다. 그러나 그 이후에도 한국에 주둔하는 미군병사에 의한 불미스런 사건이 점증함에 따라 한·미 SOFA가 양국간의 동반자적인 관계발전을 저해한다는 비판이 대두되었다. 비판의 핵심은 1991년도 개정에도 불구하고 한-미 SOFA가 미-NATO SOFA, 미-일 SOFA와 비교하여 상호주권을 존중하는 대등한 협정이 아니라 ‘불평등’한 협정이라는 것이다. 따라서 형사관할권 외에 민사청구권, 미군 시설과 기지의 사용, 한국인 노무자 관리, 통관, 관세, 과세의 특혜 등에 관한 협정조항의 개정이 촉구되었다.

이에 따라 한·미 양국은 1995년 11월〈2차 SOFA 개정 협상〉을 시작하였다. 1996년 9월까지 7차례의 협상을 가졌으나 한국과 미국은 입장의 차이를 줄이지 못하고 협상을 중단하였다. 공식협상 중단 이후에 우리 정부는 양국간 외무, 〈국방장관회담〉, 〈연례안보협의회의(SCM)〉, 고위실무급접촉 등 다양한 경로를 통해 미국측에 조속한 협상재개를 지속적으로 촉구, 2000년 3월 한·미 〈외무장관회담〉과 Cohen 미국 국방장관의 방한 시에 SOFA 개정협상을 재개하여 가능한 한 조속한 시일 내에 협상을 타결키로 합의하였다. 2차 SOFA 개정은 협상 시작 5년만인 2000년 12월 28일에 타결되고, 2001년 1월 18일에 정식 서명을 거쳐, 2001년 4월 2일부터 발효되었다.

「주둔군지위협정」은 각 국간 군사협력과 동맹관계에 따라 군대의 파견 및 접수가 활발해지면서 군대의 파견국과 접수국간 외국군대의 주둔으로 야기되는 제반 사항을 규정하기 위해 체결되는 국가간 약속이다. 한국은 1953년에 체결된「한·미상호방위조약 (제4조)」에 근거하여 미군이 한국에 주둔하게 됨에 따라 1967년에 한국에 주둔하는 미국군의 지위를 규정하는 주한미군지위협정 (Status of Forces Agreement, SOFA)을 체결하였다. 안보상 미군의 주둔이 불가피한 상황에서 SOFA는 한·미간의 상이한 문화와 법제도를 조화롭게 절충하여 한국 주둔 미군이 준수해야 할 법과 의무를 제시하는 동시에 미국으로서는 재외국민 보호하는 법적 근거로서 이는 양국간 상호마찰을 최소화하고 동맹을 공고히 하기 위한 것이다.
1960년대는 한·미관계가 미국의 압도적인 영향력으로 특징지어지는 시기였으므로 SOFA에 포함된 불평등성에 관해서 한국측이 이의를 제기할 여지가 없었다. 그러나 이후 70년대와 80년대에 한국의 정치·경제적 위상이 급속도로 높아지면서 불평등조항의 개정문제가 제기되었고, 마침내 1991년 1차 개정이 이루어졌다.

2차 SOFA 정은 형사재판권, 환경, 노무, 검역, 시설 및 구역, 민사소송절차 등 광범위한 분야에 걸쳐 있다. 형사재판권을 행사함에 있어서, 과거에는 재판에서 유죄가 확정된 뒤에만 한국 검찰이 미군 범죄자를 구금할 수 있었으나, 개정된 SOFA는 과거 10년간 발생한 주한미군 범죄 유형을 반영하여, 살인, 성폭행 등 12가지 중범죄는 한국 검찰이 기소 단계에서부터 미군 범죄자를 구금할 수 있도록 하였다.

둘째, 환경 측면에서 미국은 한국의 환경법령을 존중하고, 우리는 미군에 미치는 영향을 고려하면서 미군시설에 대해 환경규정을 집행하기로 하였다. 양국의 환경관리 기준에 따라 관리지침을 2년마다 검토 보완하며, 환경오염 예방을 위해 환경영향평가를 실시하고 환경오염 제거를 위해 양측이 공동조사를 실시하기로 하였다.

셋째, 주한미군 기지 내 한국인 고용원에 대해 기존의 ‘군사상 필요’에 배치되는 경우 국내노동법령 적용을 배제할 수 있는 것에서, ‘전쟁 및 이에 준하는 비상사태, 군대임무 변경, 병력감축 등 주한미군 방위력에 영향을 줄 수 있는 상황’으로 한정하고 군사상 필요 부분을 구체적으로 예시하였다. 또한 정당한 사유 또는 군사상 필요에 불합치하는 경우가 아니면 해고를 금지하고, 군사상 필요로 인해 감원이 필요한 경우에도 미측은 해고 노력을 최소화하도록 하는 등 현행 ‘임의해고’ 조항을 ‘해고제한’으로 변경함으로써 한국인 근로자의 안정적인 직장 보장 여건을 강화하였다.

넷째, 시설 구역의 공여 및 반환과 관련하여, 미군기지 내 시설 건축시 한국정부와 사전에 협의하고, 연 1회 이상 한·미 합동실사를 통해 불용토지를 반환하고 용도변경 사유가 발생할 경우 SOFA 운영을 위한 한·미간 협의체인 합동위원회에서 실사 후 용도변경을 하거나 반환토록 하였다.

다섯째, 민사소송절차와 관련하여, 미군에 대한 법원의 소송서류 송달 및 집행절차를 신설함으로써 그 동안 소송절차가 명시돼 있지 않아 미군에 의해 발생한 교통사고나 군사작전 등으로 인해 피해를 입은 한국민이 소송을 하려 해도 어려움이 있었는데, 이러한 문제를 해소할 수 있는 법적 장치를 마련하였다.

외교통상부,《외교백서》, 2001
국방부,《한미동맹과 주한미군》, 2006 (개정판)
김성한,〈한미 주둔군지위협정 (SOFA) 개정 방향〉《정세와 정책 2000-06》, 세종연구소