김영삼 행정부시기 일본과의 관계는 역시 과거사문제와 이로 인한 외교갈등으로 이해될 수 있다.

1994년 6월 출범한 무라야마 정권은 사회당과 자민당의 연립정부였다. 무라야마 수상은 사회당 당수 출신으로, 본인의 임기 중에 일본의 과거 침략, 식민통치의 역사에 대한 사죄반성의 입장을 확실하게 정리하고자 시도하였다. 무라야마 총리는 무엇보다 국민의 대의기관인 국회에서 과거사에 대한 사죄반성의 결의를 표명함으로써 과거사 문제에 대한 결착을 꾀했다. 그러나 국회에서의 사죄반성 결의는 자민당 내부의 우파적 정치인을 비롯한 보수 세력의 반대에 부딪쳐 계획대로 추진되지 못했는데, 우여곡절끝에 1995년 6월9일 일본중의원에서 “역사를 교훈으로 평화에의 결의를 새롭게 하는 결의”가 채택되었다. 이 결의문에는 식민지배와 침략적 행위 그리고 반성이라는 용어가 사용됨으로써 사죄적 의미가 최소한도로 표명되기는 하였으나 여전히 큰 한계를 지닌 내용에 머물게 되었다.

한국과 일본은 과거사 문제는 다른 외교이슈로 확대되어 오랫동안 외교 갈등을 빚어 왔다. 김영삼 정부시기 새롭게 대두된 내용은 독도 영유권 문제와 어업통상 분쟁이었다. 일본은 200해리 배타적 경제수역의 설정을 결정하고 이를 독도에 적용시켰는데, 김영삼 대통령은 이에 대해 「영유권 문제와 어업협정」을 별개로 해결하자고 제의하여 독도영유권에 분쟁이 있는 것처럼 받아들여지게 되어 일본 측의 입지를 강화시켜 주었다. 이는 독도는 명백한 한국 영토로 분쟁과 협상의 대상이 될 수 없다는 강경한 입장을 고수해 온 한국 정부가 일본의 입장을 받아들인 것으로 해석될 여지를 남기고 있어, 김영삼 정부시기 이후 한일간의 외교갈등은 독도 영유권과 어업문제가 맞물리는 새로운 양상을 보여주었다.

외무부,《외교백서》, 1993∼1997