김영삼 정부시기 북한 핵 위기는 주로 북한과 미국의 직접협상에 의해서 다루어졌다. 1993년 3월 12일 북한의 NPT 탈퇴이후 1994년 6월까지 핵 위기는 북한에 대한 미국의 선제공격이 논의될 정도로 고조되었으나, 그 해 6월 중순 지미 카터 전 미국 대통령과 김일성 주석의 평양회담에서 극적인 합의를 이루었다. 이후 북한과 미국은 중단되었던 북미 접촉을 재개하여 일련의 〈북미고위급회담〉을 개최하였고, 이를 통해 1994년 10월 21일 제네바 합의(Agreed Framework)에 도달하게 된다. 제네바 합의는 2002년 가을 북한의 우라늄 프로그램에 대한 논란으로 양국이 합의의 붕괴를 선언할 때까지 북한 핵 문제에 대한 기본적이고 실질적인 틀이었다.
이처럼 1990년대 전반 미국의 클린턴 행정부 시기 북한 핵 문제는 대체적으로 북한과 미국 사이의 고위급 회담(High-level talk)을 중심으로 논의되었는데, 미국의 로버트 갈루치(Robert L. Gallucci) 북한 핵 대사와 북한의 강석주 외교부 제1부상이 그 주요한 주인공이었다. 북한은 클린턴 행정부의 등장이전에도 미국에 대해 줄곧 고위급 회담을 요구했었는데, 부시 행정부가 이를 받아들여 1992년 1월 22일 뉴욕에서 아놀드 캔터(Arnold Kanter)와 김용순 사이에서 한차례 이루어진 적이 있었다. 당시의 회담에서 미국은 북한과 협상을 한다기보다는 미국의 요구조건을 일방적으로 전달하려는 자리로 이용했다. 그러나 클린턴 행정부에 들어와서는 북미 고위급 회담이 북한 핵 문제를 논의하고 협상을 하는 실질적인 수단으로 자리매김했고, 그 결실이 바로 제네바합의라고 할 수 있다.