넷째, 이 선언은 공해상의 자유항해권을 방해하지 않는다.

이러한 한국의 평화선 선포에 대하여 가장 강력하게 반대반응을 보인 것이 일본이었으며, 그 밖의 미국·영국·대만 등의 우방국들도 부당한 조치라고 비판하였다. 특히 일본은 평화선이 어업 및 어선에 대한 규제뿐만 아니라 독도까지 포함하고 있었기 때문에 크게 반발하지 않을 수 없었고, 마침 고등어 성수기가 다가옴으로써 수산청의 감시선뿐만 아니라 보안청의 함정까지 출동시켜 호위출어를 감행하려고 하였다.

그런데 일본이 호위에 의한 출어를 감행하기 직전인 1952년 9월, 당시 유엔군 사령관인 M. W. 클라크 대장은 북한의 잠입을 막고, 전시(戰時) 밀수출입품의 해상침투를 봉쇄한다는 이유로 한반도 주변에 평화선과 거의 비슷한 범위의 해상방위수역을 설정하였다. 클라크라인으로 불린 이 수역이 설정된 것은 한국전쟁이 격렬하던 당시, 한일 간의 충돌은 전쟁수행에 좋지 않다는 미국의 판단에 의한 것으로, 미국은 일단 한국의 입장을 지지하였던 것이다. 그리하여 이러한 미국의 평화선에 대한 묵시적인 옹호 때문에 일본은 평화선에 대하여 강력한 행동을 보이지는 못하였다.

평화선이 선포된 후 일본은 즉각 〈어업회담〉의 재개를 요구하여 왔다. 그러나 한국정부는 〈한일회담〉의 유리한 고지를 점하기 위한 수단으로 평화선을 사용하려 하였고, 이로 인하여 〈어업회담〉은 일본의 평화선 철폐요구와 한국의 평화선 고수의 입장이 대립되어 진전을 보지 못하였다.

그러나 이러한 평화선에 대한 한국정부의 입장은 1950년대 말부터 서서히 전환되기 시작하였다. 이는 50년대 말부터 시작된 미국원조의 감소와 이로 인한 한국경제의 불황이라는 상황에서 한국정부가 일본자본의 도입에 의한 경제 불황의 해결을 염두에 두고 있었기 때문이다. 이후 평화선은 1965년 6월 22일 한일협정이 체결되면서,「대한민국과 일본국 간의 어업에 관한 협정」에 의해 철폐, 어업에 관한 수역으로 대체되었다.