식품위생관련 규제완화조치와 식품영업활동 자율성 확대조치 등을 틈탄 각종 부정·불량, 위해식품의 제조·판매를 조기에 차단하고 모든 국민이 안심하고 먹을 수 있는 식품을 공급함으로써 국민의 식품안전 체감도를 높이고 안전식품 제조·유통기반을 조성하기 위하여 식품의약품안전청은 시·도 및 시·군·구 합동 전국교차단속을 실시하였으며 학교급식관련업소 단속에는 교육청이 함께 참여하도록 하였다.식품의약품안전청은 “부정·불량식품 중앙기동단속반”을 설치하고 6개 지방청에는 지방별 “부정·불량식품 기동단속반”을 설치하였다.

1. 부정·불량식품 특별합동단속
부정·불량식품 특별합동단속은 식약청, 시·도 및 시·군·구, 교육청 등 전국교차 합동단속을 실시함으로써 단속의 효율성을 제고하고 부정·불량식품 제조·유통 방지 등 안전한 식품공급을 통해 국민건강을 보호할 목적으로 수행하고 있다. 합동단속은 식품의약품안전청 주관으로 년 4회 실시하는 것으로서 식약청, 지방식약청, 시·도 및 시·군·구 식품위생감시원과 교육청 직원 등 가용인력을 총동원하고 있으며, 전국을 6개 권역으로(서울, 부산, 경인, 대구, 광주, 대전) 나누어 권역별로 합동단속반이 계절적 성수식품, 위반가능성이 높은 식품, 단속이 요구되는 업소 및 품목을 집중적으로 단속하고 있다. 

2005년도에는 학교급식관련업소 2회, 계절적 성수식품 등 기획단속을 2회 실시하는 등 총 4회 합동단속을 실시하였으며 그 결과 식품제조·판매업소 등 5,793개소를 점검하여 699개 위반업소를 적발하여 행정처분, 고발하였으며 이들 업소를 언론에 보도하고 식약청 홈페이지에도 게재하고 있다. 2005년도 부정·불량식품 합동단속 결과 총 5,793건의 단속을 실시하였고 그 중 부적합이 699건으로 12.07%로 부적합률을 보이고 있다.

2. 부정·불량식품 기동단속반 설치·운영
식품의약품안전청은 위해우려식품에 대한 기획단속 실시 등 효과적인 단속활동을 위하여 식품관리팀 내에 단속업무 위주의 중앙기동단속반을 편성·운영하고 있다. 중앙기동단속반은 2005년도에 상습적·고의적 식품위해사범들을 대상으로 특별사법경찰관 직무수행을 통한 직접수사를 실시하여 16명을 입건(구속 1명, 불구속 15명), 검찰에 송치함으로써 단속의 실효성을 높이고 식품업계에 경각심을 주었다. 어린이식품에 방부제를 불법 사용한 제조업자 및 가짜 해양심층수 제조, 허위과대광고 업체 등 113개소를 단속하여 64개소의 위반업소를 적발, 직접 수사하여 형사 처벌하거나 관할 지자체에 행정처분, 고발 등 조치하였다. 또한 시중에 유통 중인 식품 392건을 수거·검사하여 62건의 부적합식품을 적발하였다. 이러한 단속결과는 TV 프로그램 등 언론에 발표하여 부정·불량식품제조·판매에 관한 경각심을 고취시켰다. 한편 중앙기동단속반의 특별사법경찰 직무를 본격적으로 수행하기 위하여 자체 특별교육과 수사전문 교육기관에 위탁교육 등을 실시하였다. 최근의 연도별 중앙기동단속반 단속 결과를 보면 2003년도에는 391건을 수거하여 검사한 결과 246건이 부적합이 되어 63%의 매우 높은 부적합률을 보였다. 2004년도에는 444건을 수거하여 검사한 결과 259건이 부적합되어 약 58%의 부적합률을 보였다. 2005년도에는 113건을 수거하여 64건이 부적합되어 56%의 부적합률을 보여 점차 감소하는 경향을 보이고는 있으나 매우 높은 부적합률을 나타내고 있다. 이러한 결과는 중앙기동단속반의 단속은 어느 정도의 첩보를 가지고 단속하기 때문에 높은 부적합률을 보이고 있는 것으로 판단된다.

식품의약품안전청 홈페이지
식품의약품안전청《식품의약품안전백서》식품의약품안전청, 2006