5·16군사정변 직후 혁명주체세력이 혁명과업의 완수를 위하여 비상조치로 설치한 국가 최고통치기관으로 처음에는 군사혁명위원회로 발족되었으나, 1961년 5월 18일 국가재건최고회의로 개칭하였고, 그해 6월 6일 「헌법」 일부 조항의 효력을 정지하고 민정이양 때까지 국가재건최고회의가 국가의 최고통치기관으로서 지위를 가지게 하는 전문(全文) 24조와 부칙으로 된 「국가재건비상조치법(國家再建非常措置法)」을 제정·공포함으로써 법적인 뒷받침을 하였다.

“국가재건최고회의는 5·16군사정변 과업완수 후에 시행될 총선거에 의하여 국회가 구성되고 정부가 수립될 때까지 대한민국의 최고통치기관으로서의 지위를 가진다”고 명시한 「국가재건비상조치법」에 의하여 입법·행정·사법의 3권을 통합하고, 국민의 기본적 인권을 혁명과업 수행에 지장이 없는 한도 내에서만 보장하는 등 헌법의 일부 효력마저 정지시켰다.

또한 내각은 최고회의에 대하여 연대책임을 지며, 대법원장과 대법원판사는 최고회의 제청으로 대통령이 임명하고, 헌법재판소는 그 효력을 정지시키는 등 이 기간 국가재건최고회의가 국가권력담당기관인 국회와 정부에 대신하여 국가의 유일한 최고통치기관으로서 기능을 하였다. 법제·사법·내무·외무·국방·재정·경제·교통·체신·문교·사회·운영·기획의 7개 분과위원회, 직속기관으로 중앙정보부, 재건국민운동본부, 수도방위사령부, 감사원을 두었다. 

1962년 12월 17일 국민투표로 확정된 개정 「헌법」에 따라 1963년 12월 17일 제3공화국이 출범될 때까지 존속하였다.

1. 국가재건최고회의의 조직
가. 최고위원 : 정원수는 20~32인 이내이며, 혁명이념이 투철한 현역 또는 예비역 국군장교 중, 최고위원 5인 이상의 추천에 의하여 재적최고위원 과반수의 찬성으로 선출된다. 선출된 최고위원이 현역장교일 때는 내각수반과 군무(軍務)를 제외한 직무를 겸할 수 없으나, 예비역 장교일 때는 정당·사회단체에 가입할 수 있으며 그 임원이 될 수 있다.

나.의장과 부의장 : 의장과 부의장은 각각 1인이며, 재적최고위원 과반수의 찬성을 얻은 최고위원 중에서 임명된다. 의장이 현역장교일 때는 내각수반을 제외한 다른 직무를 겸할 수 없으나, 예비역 장교일 때는 최고위원의 경우와 같고, 그 직무는 최고회의의 질서유지·의사정리(議事整理)·사무감독 등이고 최고회의를 대표한다. 부의장은 의장이 사고가 있을 때 의장의 직무를 대행한다. 그리고 의장·부의장이 모두 사고가 있을 때는 최고위원 중 최연소자가 그 직무를 대행한다.

다.상임위원회와 분과위원회 : 상임위원회와 분과위원회를 두며 필요에 따라서 특별위원회를 둔다. 상임위원회는 최고위원회에서 위임받은 사항에 관하여 최고회의의 권한을 대행하는데, 의장·부의장 및 각 분과위원장으로 구성한다. 분과위원회는 법제·사법위원회, 내무위원회, 외무·국방위원회, 재정·경제위원회, 교통·체신위원회, 문교·사회위원회, 운영·기획위원회의 7개가 있어 각각 소관부문에 속하는 국가 기본정책을 입안하고, 의안(議案)과 청원(請願) 등을 심사하며, 의장 승인을 얻어 소관사항에 대한 국정감사를 한다. 분과위원회의 정원수는 7인 이내가 원칙이고, 위원장은 최고회의의 승인을 얻어 의장이 임명한다. 각 분과위원회에는 자문위원과 전문위원 및 직원을 둘 수 있다. 특별위원회는 필요가 있을 때 두는 것이며, 그 위원장의 임명은 분과위원장의 경우와 같다.

라.소속기관 : 소속기관에는 재건국민운동본부·중앙정보부·감사원·수도방위사령부가 있다. 이밖에 최고회의의 조직에는 제반 사무를 처리하기 위한 총무처, 공보에 관한 사무를 맡아보는 공보실이 있다.

2. 국가재건최고회의의 기능
가.국회의 권한행사 : 입법, 즉 법률제정 등 「헌법」에 규정된 국회의 권한을 행한다. 그러나 국민투표에 붙여 유권자 과반수의 투표와 투표자 과반수의 찬성을 얻어야 한다. 그리고 최고회의는 정부가 제출한 예산안을 심의·의결한다. 이 의결은 재적최고위원 3분의 2 이상의 출석과 위원 과반수의 찬성으로 한다.

나.대통령의 권한대행 : 대통령이 궐위(闕位)되거나 사고로 인하여 그 직무를 수행할 수 없을 때 총선거에 의한 정부가 수립될 때까지 국가재건최고회의 의장·부의장·내각수반의 순위로 그 권한을 대행한다.

다.행정에 관한 권한 : 계엄안(戒嚴案)과 해엄안(解嚴案), 연합참모본부 총장·각군 참모총장·해병대사령관의 임면(任免)과 그밖의 군사에 관한 중요사항, 영예수여(榮譽授與)·사면(赦免)·감형(減刑)·복권(復權)에 관한 사항, 검찰총장·각급 검사장·감사위원장·국립대학총장·대사·공사 그밖에 법률에서 지정한 공무원과 중요 국영기업체의 관리자의 임명에 관한 승인 등은 모두 최고회의의 의결을 거쳐야 한다.

라.내각의 조직 : 최고회의는 재적최고위원 과반수의 찬성을 얻어 내각수반을 임명하며, 내각수반은 각원(閣員) 임명에 있어 최고회의의 승인을 얻어야 한다. 그리고 최고회의는 재적최고위원 3분의 2 이상의 찬성으로써 내각의 총사직(總辭職)을 의결할 수 있고, 재적최고위원 과반수의 찬성으로써 각원의 해임을 의결할 수 있다.

마.사법에 관한 행정권의 통제 : 사법에 관한 행정권의 대강(大綱)은 최고회의가 지시·통제한다. 대법원장·대법원판사는 재적최고위원 과반수의 찬성으로써 최고회의가 제청하여 대통령이 임명하며, 그 밖의 법관·법원 행정처장은 최고회의의 승인을 얻어 대법원장이 임명하고, 지방법원장급 이상의 보직(補職)도 최고회의의 승인을 얻어 대법원장이 행한다.

바.지방자치단체장의 임명 : 도지사(道知事)·서울특별시장 및 인구 15만 이상인 시(市)의 장은 최고회의의 승인을 얻어 내각이 임명하고, 지방자치단체의 장은 도지사가 임명한다.

3. 국가재건최고회의의 회의
가.본회의 : 의장이 인정하거나 상임위원회나 최고위원 8인 이상의 요구가 있을 때 재적최고위원 과반수 출석으로 개의한다.

나.의안의 발의 : 최고위원 3인 이상의 찬성으로써 이루어지며, 분과위원회 또는 특별위원회에서 최고회의에 붙일 필요가 없다고 결정된 의안은 회의에 보내지 않는다. 그러나 위원회의 결정이 최고회의에 보고한 날로부터 5일 이내에 최고위원 5인 이상의 요구가 있을 때는 그 의안은 회의에 보낼 수 있다.

다.일사부재의(一事不再議) : 부결된 안건은 최고위원 10인 이상의 찬성이 없는 한 다시 제출하지 못한다.

라.수정동의 : 의안의 수정동의는 최고위원 3인 이상의 찬성자와 연서(連署)하여 미리 의장에게 제출하며, 예산안의 수정동의는 10인 이상의 찬성이 있어야 한다. 그러나 위원회에서 심사보고한 수정안은 찬성 없이 의제(議題)가 된다.

4. 국가재건최고회의 비상조치법 개정 및 특별법 제정
가.비상조치법의 개정 : 최고위원 10인 이상의 제안과 재적최고위원 3분의 2 이상의 찬성으로써 개정한다.

나.특별법의 제정: 최고회의는5·16군사정변 이전 또는 이후의 반국가적·반민족적 부정행위 또는 반혁명적 행위를 한 자를 처벌하기 위한 특별법을 만들 수 있고, 이와 같은 형사사건을 처리하기 위한 혁명재판소·혁명검찰부를 둔다. 또 5·16군사정변 전후에 특정지위에 있었거나 특정행위를 한 자의 정치적 행동을 일정 기간 동안 제한하는 특별법을 제정할 수 있다.

법제처《대한민국법령연혁집》
법무부《법무부사》1998