1982년 착수한 이 사업은 1980년대 중반부터 장기적이고 대형복합적인 연구개발에 주력하면서 원천기술이나 미래 지향적 기술개발로 전환하였다. 1990년대에는 각 부처 사이의 역할 정립을 통한 효율적인 기술개발을 위해 산업현장 기술은 관련 부처로 대폭 이양하고, 교육과학기술부는 주로 대형국책과제, 핵심원천기술, 거대과학 및 공공복지 관련 기술과제에 중점을 두고 추진하게 되었다. 이 시기부터 연구개발사업의 사전 조사와 기획기능을 강화하기 위해 연구기획평가사업 등이 개편되었다. 

1990년 국가주도연구개발사업은 국책연구개발사업으로 이어졌고, 1992년에는 이 국책연구개발사업에서 〈선도기술개발사업(G7 Project)〉이 교육과학기술부, 지식경제부등 과학기술관련 부처의 참여 아래 범부처적인 국가연구개발사업으로 출범하였다. 1998년 전후로 IMF 경제 위기를 겪으면서 「과학기술혁신을 위한 특별법」의 제정과 함께 단기적으로 산업의 경쟁력을 제고하는 한편, 기존의 모방, 개량에 바탕을 둔 연구개발에서 탈피하여 독창적인 원천기술 개발 노력도 병행하는 등 중단기 연구개발 전략을 수립·실시하게 되었다. 

그 대표적인 것으로는 창의적연구진흥사업(1997), 중점국가연구개발사업(1998), 민군겸용기술사업(1999), 국가지정연구실사업(1999),21세기프런티어연구개발사업(1999) 등이 있다.

「기술개발촉진법」(1972)

특정연구개발사업은 국가과학기술능력의 배양과 핵심산업기술의 고도화를 촉진하기 위하여 교육과학기술부가 「기술개발촉진법」을 근거로 해서 1982년부터 착수한 사업으로 국가적인 차원에서 본격적인 연구개발 사업이었다. 이 사업은 1980년대에 선진국들의 경기가 침체되고 기수보호주의가 대두되자 국가연구개발 자원의 효율적 활용 등 국가적 차원에서 대응할 필요성이 부상되자, 민간기업과 정부출연연구기관, 민간 기업들 사이의 협력 및 연구개발 투자 유인, 산학연 협동 연구를 촉진하기 위해서 정부출연연구기관별로 지원해 오던 연구개발 예산의 일부를 통합하여 특정 연구개발사업으로 편성, 추진하게 된 것이다.

1. 선도기술개발사업(G7프로젝트)
선도기술개발사업은 2001년까지 특정제품 및 기술 분야에서 세계 일류 수준의 기술력을 확보하기 위해 ‘선진국 7개국 과학기술수준으로의 진입’이라는 명시적인 목표를 정하고, 1991년 기획하여 1992년부터 2002년까지 10년간 추진한 한시적 연구개발사업이다.

2.창의적연구진흥사업
기존기술의 한계를 극복하고 새로운 기술을 탐색·발아시켜 미래 신산업 창출 및 새로운 원천기술 창출을 도모하기 위해 1997년 착수되었다. 동 연구는 상향식(bottom-up) 과제 선정 방식을 취하고, 연구책임자의 자격을 향후 10년 이상 연구에 몰입할 수 있는 연구자로서 차세대 연구리더로 성장할 수 있는 잠재력을 소유한 연구자로 한정했다.

3. 21세기 프런티어연구개발사업(1999)
국가연구개발사업을 통해 확보한 연구저력을 최대한 접목, 활용하여 BT·NT 등 미래전략기술 분야에서 선진국과 경쟁이 가능한 우리만의 강점 기술을 선택하여 집중 개발함으로써 세계 정상급 기술력 확보를 목적으로 하는 대형·장기 국가연구개발사업이었다

과학기술부,《과학기술연감》, 2002